Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle

Abstract

Les peptides non-ribosomiques (NRP) sont des molécules de plus en plus étudiées car elles présentent des activités ayant des applications principalement dans le domaine pharmaceutique. Elles sont souvent décrites par leur structure chimique, c'est-a-dire un graphe dont les noeuds sont des atomes et les arêtes les liaisons chimiques. Une autre représentation possible est la structure monomérique. Cette structure, inspirée de la voie de synthèse de ces peptides, est réalisé par de gros complexes enzymatiques qui assemblent les briques de base, appelées monomères. Ainsi, les peptides non-ribosomiques sont composés d'une grande variété de monomères (plus de 500 recensés jusqu'à présent) tels que des acides aminés, mais aussi des lipides ou des sucres. De plus, des liaisons non-peptidiques peuvent être formées entre certains monomères, ce qui produit des peptides contenant des cycles et/ou des branchements. La structure monomérique est donc le graphe formé par les monomères présents dans le peptide et les liaisons qui les relient. A l'heure actuelle, il n'existe pas d'outil permettant de convertir la structure chimique d'un peptide non-ribosomique en sa structure monomérique. Cet article présente un algorithme capable de localiser les monomères d'une liste de référence dans les structures chimiques des peptides de la base de données Norine. Il est basé sur une heuristique gloutonne qui utilise des connaissances sur la chimie des NRP. Les résultats préliminaires sont satisfaisants et devraient conduire à de nouvelles études.