Subset seed automaton
Type de document :
Communication dans un congrès avec actes
Titre :
Subset seed automaton
Auteur(s) :
Kucherov, Gregory [Auteur]
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille [LIFL]
Sequential Learning [SEQUOIA]
Noé, Laurent [Auteur correspondant]
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille [LIFL]
Sequential Learning [SEQUOIA]
Roytberg, Mihkail [Auteur]
Institute of Mathematical Problems in Biology [IMPB RAS]
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille [LIFL]
Sequential Learning [SEQUOIA]
Noé, Laurent [Auteur correspondant]
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille [LIFL]
Sequential Learning [SEQUOIA]
Roytberg, Mihkail [Auteur]
Institute of Mathematical Problems in Biology [IMPB RAS]
Titre de la manifestation scientifique :
CIAA 2007
Ville :
Prague
Pays :
République tchèque
Date de début de la manifestation scientifique :
2007-07
Titre de la revue :
Lecture Notes in Computer Science
Date de publication :
2007
Discipline(s) HAL :
Informatique [cs]/Bio-informatique [q-bio.QM]
Sciences du Vivant [q-bio]/Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]
Informatique [cs]/Algorithme et structure de données [cs.DS]
Informatique [cs]/Informatique et langage [cs.CL]
Sciences du Vivant [q-bio]/Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]
Informatique [cs]/Algorithme et structure de données [cs.DS]
Informatique [cs]/Informatique et langage [cs.CL]
Résumé en anglais : [en]
We study the pattern matching automaton introduced in [KucherovNoeRoytbergJBCB06] for the purpose of seed-based similarity search. We show that our definition provides a compact automaton, much smaller than the one obtained ...
Lire la suite >We study the pattern matching automaton introduced in [KucherovNoeRoytbergJBCB06] for the purpose of seed-based similarity search. We show that our definition provides a compact automaton, much smaller than the one obtained by applying the Aho-Corasick construction. We study properties of this automaton andpresent an efficient implementation of the automaton construction. We also present some experimental results and show that this automaton can be successfully applied to more general situations.Lire moins >
Lire la suite >We study the pattern matching automaton introduced in [KucherovNoeRoytbergJBCB06] for the purpose of seed-based similarity search. We show that our definition provides a compact automaton, much smaller than the one obtained by applying the Aho-Corasick construction. We study properties of this automaton andpresent an efficient implementation of the automaton construction. We also present some experimental results and show that this automaton can be successfully applied to more general situations.Lire moins >
Langue :
Anglais
Comité de lecture :
Oui
Audience :
Internationale
Vulgarisation :
Non
Collections :
Source :
Fichiers
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