New HIV-1 circulating recombinant form 94: ...
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New HIV-1 circulating recombinant form 94: from phylogenetic detection of a large transmission cluster to prevention in the age of geosocial-networking apps in France, 2013 to 2017
Author(s) :
Wirden, Marc [Auteur]
Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique [iPLESP]
De Oliveira, Fabienne [Auteur]
Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne [GRAM 2.0]
Bouvier-Alias, Magali [Auteur]
Service de bactériologie, virologie, hygiène [Mondor]
Lambert-Niclot, Sidonie [Auteur]
CHU Saint-Antoine [AP-HP]
Chaix, Marie-Laure [Auteur]
Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques [GenCellDis (U944 / UMR7212)]
Raymond, Stéphanie [Auteur]
Laboratoire Virologie [CHU Toulouse]
Si-Mohammed, Ali [Auteur]
Laboratoire de sérologie-virologie (CHU de Dijon)
Alloui, Chakib [Auteur]
Service de bactériologie-Virologie-Hygiène [Avicenne]
Andre-Garnier, Elisabeth [Auteur]
Service de virologie [CHU Nantes]
Bellecave, Pantxika [Auteur]
Service de virologie et unité de surveillance biologique [Bordeaux]
Université de Bordeaux [UB]
Malve, Brice [Auteur]
Service de Virologie [CHRU Nancy]
Mirand, Audrey [Auteur]
Service de Virologie Médicale et Moléculaire [CHU Clermont-Ferrand]
Pallier, Coralie [Auteur]
Service de Virologie [Villejuif]
Poveda, Jean-Dominique [Auteur]
Laboratoire CERBA [Saint Ouen l'Aumône]
Rabenja, Theresa [Auteur]
Schneider, Veronique [Auteur]
CHU Tenon [AP-HP]
Signori-Schmuck, Anne [Auteur]
Département de virologie [Grenoble]
Stefic, Karl [Auteur]
Service de Bactériologie-Virologie-Hygiène [Tours]
Calvez, Vincent [Auteur]
Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique [iPLESP]
Descamps, Diane [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Plantier, Jean-Christophe [Auteur]
Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne [GRAM 2.0]
Marcelin, Anne-Genevieve [Auteur]
Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique [iPLESP]
Visseaux, Benoit [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Roussel, C. [Auteur]
Le Guillou-Guillemette, H. [Auteur]
Ducancelle, A. [Auteur]
Courdavault, L. [Auteur]
Alloui, C. [Auteur]
Honore, P. [Auteur]
Lepiller, Q. [Auteur]
Bettinger, D. [Auteur]
Bellecave, P. [Auteur]
Pinson-Recordon, P. [Auteur]
Tumiotto, C. [Auteur]
Reigadas, S. [Auteur]
Vallet, S. [Auteur]
Payan, C. [Auteur]
Duthe, J. C. [Auteur]
Leroux, M. [Auteur]
Dina, J. [Auteur]
Vabret, A. [Auteur]
Mirand, A. [Auteur]
Henquell, C. [Auteur]
Bouvier-Alias, M. [Auteur]
Si-Mohamed, A. [Auteur]
Dos Santos, G. [Auteur]
Yerly, S. [Auteur]
Signori-Schmuck, A. [Auteur]
Morand, P. [Auteur]
Pallier, C. [Auteur]
Raho-Moussa, M. [Auteur]
Mole, M. [Auteur]
Dulucq, M. J. [Auteur]
Bocket, Laurence [Auteur]
Laboratoire de virologie - ULR 3610
Ranger-Rogez, S. [Auteur]
Trabaud, M. A. [Auteur]
Icard, V. [Auteur]
Tardy, J. C. [Auteur]
Tamalet, C. [Auteur]
Delamare, C. [Auteur]
Montes, B. [Auteur]
Schvoerer, E. [Auteur]
Fenaux, H. [Auteur]
Rodallec, A. [Auteur]
Andre-Garnier, E. [Auteur]
Ferre, V. [Auteur]
De Monte, A. [Auteur]
Dufayard, J. [Auteur]
Guigon, A. [Auteur]
Guinard, J. [Auteur]
Descamps, D. [Auteur]
Charpentier, C. [Auteur]
Visseaux, B. [Auteur]
Peytavin, G. [Auteur]
Fillion, M. [Auteur]
Soulie, C. [Auteur]
Malet, I. [Auteur]
Wirden, M. [Auteur]
Marcelin, A. G. [Auteur]
Calvez, V. [Auteur]
Assoumou, L. [Auteur]
Costagliola, D. [Auteur]
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Lambert-Niclot, S. [Auteur]
Fofana, D. [Auteur]
Delaugerre, C. [Auteur]
Chaix, M. L. [Auteur]
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Schneider, V. [Auteur]
Amiel, C. [Auteur]
Giraudeau, G. [Auteur]
Beby-Defaux, A. [Auteur]
Plainchamp, D. [Auteur]
Maillard, A. [Auteur]
Alessandri-Gradt, E. [Auteur]
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Plantier, J. C. [Auteur]
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Fischer, P. [Auteur]
Raymond, S. [Auteur]
Izopet, J. [Auteur]
Chiabrando, J. [Auteur]
Barin, F. [Auteur]
Fajole, G. [Auteur]
Burgault, O. [Auteur]
Juillet, S. M. [Auteur]
Chennebault, J. M. [Auteur]
Hoen, B. [Auteur]
Dupon, M. [Auteur]
Morlat, P. [Auteur]
Neau, D. [Auteur]
Garre, M. [Auteur]
Bellein, V. [Auteur]
Verdon, R. [Auteur]
De La Blanchardiere, A. [Auteur]
Dargere, S. [Auteur]
Martin, A. [Auteur]
Noyou, V. [Auteur]
Jacomet, C. [Auteur]
Lelievre, J. D. [Auteur]
Lopez-Zaragoza, J. L. [Auteur]
Lorcerie, B. [Auteur]
Cabie, A. [Auteur]
Leclercq, P. [Auteur]
Blanc, M. [Auteur]
Froguel, E. [Auteur]
Hillion, B. [Auteur]
Tassi, S. [Auteur]
Goujard, C. [Auteur]
Robineau, Olivier [Auteur]
METRICS : Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694
Weinbreck, P. [Auteur]
Cotte, L. [Auteur]
Makhloufi, D. [Auteur]
Poizot-Martin, I. [Auteur]
Ravaud, I. [Auteur]
Reynes, J. [Auteur]
Raffi, F. [Auteur]
Cua, E. [Auteur]
Durant, J. [Auteur]
Pugliese, P. [Auteur]
Hocquelloux, L. [Auteur]
Prazuck, T. [Auteur]
Yazdanpanah, Y. [Auteur]
Landman, R. [Auteur]
Legac, S. [Auteur]
Weiss, L. [Auteur]
Karmochkine, M. [Auteur]
Bottero, J. [Auteur]
Duvivier, C. [Auteur]
Bolliot, C. [Auteur]
Malet, M. [Auteur]
Vittecoq, D. [Auteur]
Katlama, C. [Auteur]
Palich, R. [Auteur]
Seang, S. [Auteur]
Girard, M. [Auteur]
Meynard, J. L. [Auteur]
Molina, J. M. [Auteur]
Berrebi, V. [Auteur]
Pialloux, G. [Auteur]
Lamaury, I. [Auteur]
Le Moal, G. [Auteur]
Michelet, C. [Auteur]
Duthe, J. C. [Auteur]
Caron, F. [Auteur]
Debab, Y. [Auteur]
Unal, G. [Auteur]
Partisani, M. [Auteur]
Rey, D. [Auteur]
Marchou, B. [Auteur]
Delobel, P. [Auteur]
Gras, G. [Auteur]
Belan, A. G. [Auteur]
Ruel [Auteur]
Beletry, O. [Auteur]
Granier, F. [Auteur]
Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique [iPLESP]
De Oliveira, Fabienne [Auteur]
Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne [GRAM 2.0]
Bouvier-Alias, Magali [Auteur]
Service de bactériologie, virologie, hygiène [Mondor]
Lambert-Niclot, Sidonie [Auteur]
CHU Saint-Antoine [AP-HP]
Chaix, Marie-Laure [Auteur]
Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques [GenCellDis (U944 / UMR7212)]
Raymond, Stéphanie [Auteur]
Laboratoire Virologie [CHU Toulouse]
Si-Mohammed, Ali [Auteur]
Laboratoire de sérologie-virologie (CHU de Dijon)
Alloui, Chakib [Auteur]
Service de bactériologie-Virologie-Hygiène [Avicenne]
Andre-Garnier, Elisabeth [Auteur]
Service de virologie [CHU Nantes]
Bellecave, Pantxika [Auteur]
Service de virologie et unité de surveillance biologique [Bordeaux]
Université de Bordeaux [UB]
Malve, Brice [Auteur]
Service de Virologie [CHRU Nancy]
Mirand, Audrey [Auteur]
Service de Virologie Médicale et Moléculaire [CHU Clermont-Ferrand]
Pallier, Coralie [Auteur]
Service de Virologie [Villejuif]
Poveda, Jean-Dominique [Auteur]
Laboratoire CERBA [Saint Ouen l'Aumône]
Rabenja, Theresa [Auteur]
Schneider, Veronique [Auteur]
CHU Tenon [AP-HP]
Signori-Schmuck, Anne [Auteur]
Département de virologie [Grenoble]
Stefic, Karl [Auteur]
Service de Bactériologie-Virologie-Hygiène [Tours]
Calvez, Vincent [Auteur]
Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique [iPLESP]
Descamps, Diane [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Plantier, Jean-Christophe [Auteur]
Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne [GRAM 2.0]
Marcelin, Anne-Genevieve [Auteur]
Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique [iPLESP]
Visseaux, Benoit [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Roussel, C. [Auteur]
Le Guillou-Guillemette, H. [Auteur]
Ducancelle, A. [Auteur]
Courdavault, L. [Auteur]
Alloui, C. [Auteur]
Honore, P. [Auteur]
Lepiller, Q. [Auteur]
Bettinger, D. [Auteur]
Bellecave, P. [Auteur]
Pinson-Recordon, P. [Auteur]
Tumiotto, C. [Auteur]
Reigadas, S. [Auteur]
Vallet, S. [Auteur]
Payan, C. [Auteur]
Duthe, J. C. [Auteur]
Leroux, M. [Auteur]
Dina, J. [Auteur]
Vabret, A. [Auteur]
Mirand, A. [Auteur]
Henquell, C. [Auteur]
Bouvier-Alias, M. [Auteur]
Si-Mohamed, A. [Auteur]
Dos Santos, G. [Auteur]
Yerly, S. [Auteur]
Signori-Schmuck, A. [Auteur]
Morand, P. [Auteur]
Pallier, C. [Auteur]
Raho-Moussa, M. [Auteur]
Mole, M. [Auteur]
Dulucq, M. J. [Auteur]
Bocket, Laurence [Auteur]
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Laboratoire de virologie - ULR 3610
Ranger-Rogez, S. [Auteur]
Trabaud, M. A. [Auteur]
Icard, V. [Auteur]
Tardy, J. C. [Auteur]
Tamalet, C. [Auteur]
Delamare, C. [Auteur]
Montes, B. [Auteur]
Schvoerer, E. [Auteur]
Fenaux, H. [Auteur]
Rodallec, A. [Auteur]
Andre-Garnier, E. [Auteur]
Ferre, V. [Auteur]
De Monte, A. [Auteur]
Dufayard, J. [Auteur]
Guigon, A. [Auteur]
Guinard, J. [Auteur]
Descamps, D. [Auteur]
Charpentier, C. [Auteur]
Visseaux, B. [Auteur]
Peytavin, G. [Auteur]
Fillion, M. [Auteur]
Soulie, C. [Auteur]
Malet, I. [Auteur]
Wirden, M. [Auteur]
Marcelin, A. G. [Auteur]
Calvez, V. [Auteur]
Assoumou, L. [Auteur]
Costagliola, D. [Auteur]
Morand-Joubert, L. [Auteur]
Lambert-Niclot, S. [Auteur]
Fofana, D. [Auteur]
Delaugerre, C. [Auteur]
Chaix, M. L. [Auteur]
Mahjoub, N. [Auteur]
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Amiel, C. [Auteur]
Giraudeau, G. [Auteur]
Beby-Defaux, A. [Auteur]
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Maillard, A. [Auteur]
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Leoz, M. [Auteur]
Plantier, J. C. [Auteur]
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Fischer, P. [Auteur]
Raymond, S. [Auteur]
Izopet, J. [Auteur]
Chiabrando, J. [Auteur]
Barin, F. [Auteur]
Fajole, G. [Auteur]
Burgault, O. [Auteur]
Juillet, S. M. [Auteur]
Chennebault, J. M. [Auteur]
Hoen, B. [Auteur]
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Morlat, P. [Auteur]
Neau, D. [Auteur]
Garre, M. [Auteur]
Bellein, V. [Auteur]
Verdon, R. [Auteur]
De La Blanchardiere, A. [Auteur]
Dargere, S. [Auteur]
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Noyou, V. [Auteur]
Jacomet, C. [Auteur]
Lelievre, J. D. [Auteur]
Lopez-Zaragoza, J. L. [Auteur]
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METRICS : Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694
Weinbreck, P. [Auteur]
Cotte, L. [Auteur]
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Granier, F. [Auteur]
Journal title :
Eurosurveillance
Abbreviated title :
Eurosurveillance
Volume number :
24
Pages :
25-34
Publication date :
2019-10-12
ISSN :
1560-7917
HAL domain(s) :
Sciences du Vivant [q-bio]
English abstract : [en]
Background
Ending the HIV pandemic must involve new tools to rapidly identify and control local outbreaks and prevent the emergence of recombinant strains with epidemiological advantages.
Aim
This observational study ...
Show more >Background Ending the HIV pandemic must involve new tools to rapidly identify and control local outbreaks and prevent the emergence of recombinant strains with epidemiological advantages. Aim This observational study aimed to investigate in France a cluster of HIV-1 cases related to a new circulating recombinant form (CRF). The confirmation this CRF’s novelty as well as measures to control its spread are presented. Methods Phylogenetic analyses of HIV sequences routinely generated for drug resistance genotyping before 2018 in French laboratories were employed to detect the transmission chain. The CRF involved was characterised by almost full-length viral sequencing for six cases. Cases’ clinical data were reviewed. Where possible, epidemiological information was collected with a questionnaire. Results The transmission cluster comprised 49 cases, mostly diagnosed in 2016–2017 (n = 37). All were infected with a new CRF, CRF94_cpx. The molecular proximity of this CRF to X4 strains and the high median viraemia, exceeding 5.0 log10 copies/mL, at diagnosis, even in chronic infection, raise concerns of enhanced virulence. Overall, 41 cases were diagnosed in the Ile-de-France region and 45 were men who have sex with men. Among 24 cases with available information, 20 reported finding partners through a geosocial networking app. Prevention activities in the area and population affected were undertaken. Conclusion We advocate the systematic use of routinely generated HIV molecular data by a dedicated reactive network, to improve and accelerate targeted prevention interventions. Geosocial networking apps can play a role in the spread of outbreaks, but could also deliver local targeted preventive alerts.Show less >
Show more >Background Ending the HIV pandemic must involve new tools to rapidly identify and control local outbreaks and prevent the emergence of recombinant strains with epidemiological advantages. Aim This observational study aimed to investigate in France a cluster of HIV-1 cases related to a new circulating recombinant form (CRF). The confirmation this CRF’s novelty as well as measures to control its spread are presented. Methods Phylogenetic analyses of HIV sequences routinely generated for drug resistance genotyping before 2018 in French laboratories were employed to detect the transmission chain. The CRF involved was characterised by almost full-length viral sequencing for six cases. Cases’ clinical data were reviewed. Where possible, epidemiological information was collected with a questionnaire. Results The transmission cluster comprised 49 cases, mostly diagnosed in 2016–2017 (n = 37). All were infected with a new CRF, CRF94_cpx. The molecular proximity of this CRF to X4 strains and the high median viraemia, exceeding 5.0 log10 copies/mL, at diagnosis, even in chronic infection, raise concerns of enhanced virulence. Overall, 41 cases were diagnosed in the Ile-de-France region and 45 were men who have sex with men. Among 24 cases with available information, 20 reported finding partners through a geosocial networking app. Prevention activities in the area and population affected were undertaken. Conclusion We advocate the systematic use of routinely generated HIV molecular data by a dedicated reactive network, to improve and accelerate targeted prevention interventions. Geosocial networking apps can play a role in the spread of outbreaks, but could also deliver local targeted preventive alerts.Show less >
Language :
Anglais
Audience :
Internationale
Popular science :
Non
Administrative institution(s) :
Université de Lille
CHU Lille
CHU Lille
Collections :
Submission date :
2024-01-17T22:27:42Z
2024-02-14T10:31:36Z
2024-02-14T10:31:36Z
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