Titre :

PAC (Partitionned Aggregated bloom Comb trees)

Auteur(s) :

Marchet, Camille [Auteur]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Limasset, Antoine [Auteur]
Centre National de la Recherche Scientifique [CNRS]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]

Mot(s)-clé(s) en anglais :

AMQ
Data structure
K-mer
Pangenomics

Discipline(s) HAL :

Informatique [cs]/Algorithme et structure de données [cs.DS]
Sciences du Vivant [q-bio]/Biochimie, Biologie Moléculaire/Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]

Résumé en anglais : [en]

PAC is a scalable structure able to list datasets that may contain a query sequence among thousands of indexed files.PAC is an AMQ (Approximate membership Query) structure based on bloom filters like Cobs, or Sequence Bloom ...
Lire la suite >PAC is a scalable structure able to list datasets that may contain a query sequence among thousands of indexed files.PAC is an AMQ (Approximate membership Query) structure based on bloom filters like Cobs, or Sequence Bloom tree tools (HowDeSBT,AllsomeSBT,SSBT,...)A PAC index can be built from thousands datasets quickly and with low resource memory and disk footprint and can deliver very high query throughput.Lire moins >

Langue :

Anglais

Collections :

• Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189

Source :

Harvested from HAL