Données génétiques et indicateurs de biodiversité microbienne pélagique

Abstract

Le projet INDIGENE (2020-2022) a pour objectif d'évaluer la pertinence des données génétiques (métabarcodes) pour le développement d'indicateurs de changements de composition utilisables dans le cadre de la DCE et de la DCSMM pour le compartiment pélagique en milieu marin. Ce projet s'est appuyé sur les données de biodiversité génétique acquises régulièrement au cours de plusieurs années consécutives sur les sites d'observation à long terme des services nationaux d'observation (SNO) SOMLIT et PHYTOBS, complétés par des échantillonnages récents dans le port de la marina du château à Brest (2019-2020). Les sites sélectionnés, répartis le long de gradients côte-large et dans des milieux plus ou moins fermés comme la rade de Brest ainsi que sur des gradients d'anthropisation., offraient ainsi un panel varié de conditions environnementales. Le projet INDIGENE a permis de démontrer la faisabilité de s'appuyer sur des données génétiques pour alimenter certains indicateurs d'évaluation de l'état écologique des communautés planctoniques aujourd'hui développés pour répondre aux besoins des directives, et de dégager des hypothèses quant à la sensibilité de ces indicateurs aux pressions anthropiques, en fonction des données utilisées (métabarcodes ou dénombrements microscopiques).