Cdbgtricks: Strategies to update a compacted ...

Type de document :
Communication dans un congrès avec actes
DOI :
10.1101/2024.05.24.595676
Titre :
Cdbgtricks: Strategies to update a compacted de Bruijn graph
Auteur(s) :
Hannoush, Khodor [Auteur]
Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics [GenScale]
Marchet, Camille [Auteur]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Centre National de la Recherche Scientifique [CNRS]
Peterlongo, Pierre [Auteur]
Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics [GenScale]
Titre de la manifestation scientifique :
PSC 2024 - Prague Stringology Conference
Organisateur(s) de la manifestation scientifique :
Faculty of Information Technology, Czech Technical University in Prague
Ville :
Prague (CZ)
Pays :
République tchèque
Date de début de la manifestation scientifique :
2024-08-26
Titre de l’ouvrage :
Prague Stringology Conference 2024
Date de publication :
2024-08-24
Discipline(s) HAL :
Informatique [cs]/Bio-informatique [q-bio.QM]
Résumé en anglais : [en]
We propose Cdbgtricks , a new method for updating a compacted de Bruijn graph when adding novel sequences, such as full genomes. Our method indexes the graph, enabling to identify in constant time the location (unitig and ...
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Langue :
Anglais
Comité de lecture :
Oui
Audience :
Internationale
Vulgarisation :
Non
Collections :
Source :
Harvested from HAL
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