Titre :

RNAspace.org: An integrated environment for the prediction, annotation, and analysis of ncRNA.

Auteur(s) :

Cros, Marie-Josée [Auteur]
Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) [UBIA]
de Monte, Antoine [Auteur]
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille [LIFL]
Mariette, Jérôme [Auteur]
Bardou, Philippe [Auteur]
Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage [SIGENAE]
Grenier-Boley, Benjamin [Auteur]
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille [LIFL]
Gautheret, Daniel [Auteur]
Institut de génétique et microbiologie [Orsay] [IGM]
Touzet, Helene [Auteur]
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille [LIFL]
Gaspin, Christine [Auteur]
Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) [UBIA]

Titre de la revue :

RNA

Pagination :

1947-56

Éditeur :

Cold Spring Harbor Laboratory Press

Date de publication :

2011-11

ISSN :

1355-8382

Mot(s)-clé(s) :

bioinformatic
molecular biology

Mot(s)-clé(s) en anglais :

noncoding RNA
prediction
annotation
biochemistry

Discipline(s) HAL :

Sciences du Vivant [q-bio]/Biochimie, Biologie Moléculaire
Sciences du Vivant [q-bio]/Microbiologie et Parasitologie

Résumé en anglais : [en]

The annotation of noncoding RNA genes remains a major bottleneck in genome sequencing projects. Most genome sequences released today still come with sets of tRNAs and rRNAs as the only annotated RNA elements, ignoring ...
Lire la suite >The annotation of noncoding RNA genes remains a major bottleneck in genome sequencing projects. Most genome sequences released today still come with sets of tRNAs and rRNAs as the only annotated RNA elements, ignoring hundreds of other RNA families. We have developed a web environment that is dedicated to noncoding RNA (ncRNA) prediction, annotation, and analysis and allows users to run a variety of tools in an integrated and flexible manner. This environment offers complementary ncRNA gene finders and a set of tools for the comparison, visualization, editing, and export of ncRNA candidates. Predictions can be filtered according to a large set of characteristics. Based on this environment, we created a public website located at http://RNAspace.org. It accepts genomic sequences up to 5 Mb, which permits for an online annotation of a complete bacterial genome or a small eukaryotic chromosome. The project is hosted as a Source Forge project (http://rnaspace.sourceforge.net/).Lire moins >

Langue :

Anglais

Comité de lecture :

Oui

Audience :

Internationale

Vulgarisation :

Non

Références liée(s) :

http://rnajournal.cshlp.org/content/17/11/1947

Commentaire :

Chantier qualité GA

Collections :

• Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189

Source :

Harvested from HAL

Date de dépôt :

2022-06-12T02:08:48Z