Title :

Quick pathogen identification and antibiogram for the clinics by MS/MS proteotyping

Author(s) :

Armengaud, Jean [Auteur]
Médicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
Service de Pharmacologie et Immunoanalyse [SPI]
Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic [LI2D]
Olivier, Pible [Auteur]
Médicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
Service de Pharmacologie et Immunoanalyse [SPI]
Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic [LI2D]
Karen, Culotta [Auteur]
Médicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
Service de Pharmacologie et Immunoanalyse [SPI]
Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic [LI2D]
Guylaine, Miotello [Auteur]
Médicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
Service de Pharmacologie et Immunoanalyse [SPI]
Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic [LI2D]
Virginie, Jouffret [Auteur]
Médicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
Service de Pharmacologie et Immunoanalyse [SPI]
Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic [LI2D]
Laetitia, Lecci [Auteur]
Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] [CHRU Lille]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Olivier, Gaillot [Auteur]
Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] [CHRU Lille]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Nadine, Lemaitre [Auteur]
Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 [AGIR ]
Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] [CHRU Lille]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Lucia, Grenga [Auteur]
Médicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
Service de Pharmacologie et Immunoanalyse [SPI]
Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic [LI2D]

Conference title :

6th European Congress MSACL 2019 EU

Conference organizers(s) :

Mass Spectrometry & Advances in the Clinical Lab

City :

Salzburg

Country :

Autriche

Start date of the conference :

2019-09-22

HAL domain(s) :

Sciences du Vivant [q-bio]

English abstract : [en]

Mass spectrometry is a powerful tool to identify pathogens. However some issues such as mixture handling are usually beyond reach of whole-cell MALDI-TOF approaches. We developed a tandem mass spectrometry approach which ...
Show more >Mass spectrometry is a powerful tool to identify pathogens. However some issues such as mixture handling are usually beyond reach of whole-cell MALDI-TOF approaches. We developed a tandem mass spectrometry approach which addresses without a priori any kind of isolates but also more complex samples such as mixtures of organisms. Based on the analysis of the whole set of identified peptides from the sample, a phylogenetic information is quickly processed and presented in a format easily accessible for the clinician. An in-house developed microbiota reference standard comprising 24 different microorganisms was used for optimizing parameters for data acquisition by tandem mass spectrometry and data processing. Furthermore, the peptide signal is automatically search against a protein sequence database listing all the proteins involved in antibiotic resistances. This allows obtaining a quick pathogen identification and proposing an in silico antibiogram. This pipeline has been challenged with hundreds of clinical samples and resulted very robust. This work paves the way to wide proteotyping applications in the clinical lab.Show less >

Language :

Anglais

Peer reviewed article :

Oui

Audience :

Internationale

Popular science :

Non

ANR Project :

Identification rapide de bactéries pathogènes et résistances aux antibiotiques

Collections :

• Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 9017

Source :

Harvested from HAL