Transformation et intégration de données massives pour l’évaluation des prises en charge thérapeutiques

Abstract

Un nombre croissant d'informations sont numérisées en routine par les systèmes d'information médicaux. Ces données massives peuvent être réutilisées (data reuse) pour poser des questions en recherche biomédicale. Leur intérêt réside dans la puissance statistique qu'elles apportent ainsi que dans la multiplicité des types de recherches d'association qu'elles permettent. La préparation de ces données revêt plusieurs dimensions dont l'intégration et la transformation. Ensuite, l'analyse de ces données observationnelles réutilisées soulève des questions méthodologiques et statistiques. Ce mémoire présente nos travaux de recherche, basés sur le data reuse, pour l'étude des événements survenant secondairement à certaines prises en charge thérapeutiques tels que l'étude des effets indésirables liés aux médicaments ou à la pose d'un dispositif médical. Nous présentons dans ce travail, deux grandes étapes successives de notre activité de recherche : 1) Le data reuse pour la construction de règles de détection d'effets indésirables de 2009 à 2014, dans le cadre du projet européen PSIP et 2) L’analyse de données massives pour l'étude des pathologies et des prises en charge thérapeutiques de 2014 à 2018, dans le cadre de mon travail de thèse puis du projet PAERPA. Dans ces travaux, deux bases de données massives hospitalières sont réutilisées : une base de données intra-hospitalière, et une base nationale de données médico-administratives (PMSI). Plusieurs articles issus de ces travaux ont été publiés dans les journaux de référence en informatique médicale. Ces travaux et les encadrements réalisés sur cette thématique ont lieu dans le cadre de l’EA 2694 qui est une équipe multidisciplinaire regroupant notamment des cliniciens, des experts de la santé publique, des statisticiens et des informaticiens. Les nouveaux enjeux portent sur la mise en place de stratégies mixtes utilisant les données massives pour enrichir les données produites spécifiquement pour répondre à une question de recherche. La réutilisation de données médicales produites en routine au cours du soin joue désormais un rôle essentiel parmi les études observationnelles. Il nous semble qu'elle s'apprête désormais à modifier profondément les études interventionnelles.