Title :

DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition

Author(s) :

Audoux, Jérôme [Auteur]
Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
Philippe, Nicolas [Auteur]
Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
Chikhi, Rayan [Auteur]
Bioinformatics and Sequence Analysis [BONSAI]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Salson, Mikael [Auteur]
Bioinformatics and Sequence Analysis [BONSAI]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Gallopin, Mélina [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
Gabriel, Marc [Auteur]
Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse [AMMICa]
Le Coz, Jérémy [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
Drouineau, Emilie [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
Commes, Thérèse [Auteur]
Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
Institut de Biologie Computationnelle [IBC]
Gautheret, Daniel [Auteur]
Plateforme de Bioinformatique [Gustave Roussy]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]

Journal title :

Genome Biology

Pages :

1-15

Publisher :

BioMed Central

Publication date :

2017-12

ISSN :

1465-6906

HAL domain(s) :

Informatique [cs]/Bio-informatique [q-bio.QM]
Informatique [cs]/Algorithme et structure de données [cs.DS]

English abstract : [en]

We introduce a k-mer-based computational protocol, DE-kupl, for capturing local RNA variation in a set of RNA-seq libraries, independently of a reference genome or transcriptome. DE-kupl extracts all k-mers with differential ...
Show more >We introduce a k-mer-based computational protocol, DE-kupl, for capturing local RNA variation in a set of RNA-seq libraries, independently of a reference genome or transcriptome. DE-kupl extracts all k-mers with differential abundance directly from the raw data files. This enables the retrieval of virtually all variation present in an RNA-seq data set. This variation is subsequently assigned to biological events or entities such as differential long non-coding RNAs, splice and polyadenylation variants, introns, repeats, editing or mutation events, and exogenous RNA. Applying DE-kupl to human RNA-seq data sets identified multiple types of novel events, reproducibly across independent RNA-seq experiments.Show less >

Language :

Anglais

Peer reviewed article :

Oui

Audience :

Internationale

Popular science :

Non

ANR Project :

Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique

Collections :

• Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189

Source :

Harvested from HAL