Modélisation aléatoire de l'activité des ...
Document type :
Thèse
Title :
Modélisation aléatoire de l'activité des Lymphocytes T Cytotoxyques
English title :
Mathematical Modeling of Cytotoxic T Lymphocytes
Author(s) :
Thesis director(s) :
Patrick Cattiaux
Sébastien Gadat
Sébastien Gadat
Defence date :
2014-12-02
Jury president :
Vincent Bansaye, Nicolas Champagnat, Marc Lavielle, Michèle Thieullen,Salvatore Valitutti
Jury member(s) :
Vincent Bansaye, Nicolas Champagnat, Marc Lavielle, Michèle Thieullen,Salvatore Valitutti
Accredited body :
Université de Paul Sabatier de Toulouse
Doctoral school :
EDMITT
Keyword(s) :
modélisation mathématique pour la biologie
modèle de mélange
selection de modèle
temps d’atteinte
distribution quasi-stationaire
immunologie
modèle de mélange
selection de modèle
temps d’atteinte
distribution quasi-stationaire
immunologie
English keyword(s) :
Mathematical modeling for biology
mixture models
model selection
hitting times
quasi-stationary distribution
immunology
mixture models
model selection
hitting times
quasi-stationary distribution
immunology
HAL domain(s) :
Mathématiques [math]
Sciences du Vivant [q-bio]
Sciences du Vivant [q-bio]
French abstract :
Ce travail de thèse étudie des propriétés probabilistes et statistiques de la dynamique entre des cellulesimmunitaires, plus spécialement des Lymphocytes T Cytotoxiques (CTL), et un nodule tumoral.Il se situe en étroite ...
Show more >Ce travail de thèse étudie des propriétés probabilistes et statistiques de la dynamique entre des cellulesimmunitaires, plus spécialement des Lymphocytes T Cytotoxiques (CTL), et un nodule tumoral.Il se situe en étroite collaboration avec l’équipe de Salvatore Valitutti de l’INSERM à l’hôpital Purpan.Motivé par le constat qu’il est difficile pour les biologistes de reproduire in vitro un nodule tumoral, etqu’il est encore plus difficile d’appréhender l’interaction de ce dernier avec des CTL, nous proposonsun modèle agent centré pour modéliser cette interaction.Notre travail a mis en évidence l’existence de 2 paramètres importants dans la réponse immunitaireapportée par les CTL, notamment aux travers d’expériences numériques. Le premier est le déplacementdes CTL. Plus précisement, diriger les CTL vers le nodule plutôt qu’un déplacement non orienté, rendla réponse immunitaire plus efficace. En outre, le nombre de cellules tumorales éliminées par un seulCTL est le second paramètre, plus ce dernier est grand plus la réponse est efficace.Nous proposons un système couplé d’EDO afin d’en déduire, d’une analyse microscopique de processusstochastiques, le comportement d’un nodule tumoral soumis ou non à une immunothérapie quiconsiste à attirer les CTL vers le nodule. Nous proposons alternativement un mouvement Brownienpour le déplacement non dirigé des CTL ou un processus d’Ornstein-Uhlenbeck pour des CTL dirigés.En utilisant des outils de temps d’atteinte et de mesures quasi-stationnaires, nous mettons en évidenceune transition de phase dans le nombre de CTL menant à l’éradication d’un nodule et que cettetransition se produit avec moins de CTL sous immunothérapie.Dans l’étude de l’activité cytolytique d’un CTL, nous proposons un modèle de mélange de lois dePoisson pour décrire le nombre de cellules cibles éliminées par un seul CTL. L’algorithme EM est misen place pour estimer les paramètres d’un tel mélange. Nous proposons alors un critère pénalisé nonasymptotique pour estimer le nombre de lois composant le mélange. Cela a mis en évidence l’existencede deux sous-populations de CTL, celle qui élimine beaucoup de cellules cibles et ceux qui en éliminepeu.Show less >
Show more >Ce travail de thèse étudie des propriétés probabilistes et statistiques de la dynamique entre des cellulesimmunitaires, plus spécialement des Lymphocytes T Cytotoxiques (CTL), et un nodule tumoral.Il se situe en étroite collaboration avec l’équipe de Salvatore Valitutti de l’INSERM à l’hôpital Purpan.Motivé par le constat qu’il est difficile pour les biologistes de reproduire in vitro un nodule tumoral, etqu’il est encore plus difficile d’appréhender l’interaction de ce dernier avec des CTL, nous proposonsun modèle agent centré pour modéliser cette interaction.Notre travail a mis en évidence l’existence de 2 paramètres importants dans la réponse immunitaireapportée par les CTL, notamment aux travers d’expériences numériques. Le premier est le déplacementdes CTL. Plus précisement, diriger les CTL vers le nodule plutôt qu’un déplacement non orienté, rendla réponse immunitaire plus efficace. En outre, le nombre de cellules tumorales éliminées par un seulCTL est le second paramètre, plus ce dernier est grand plus la réponse est efficace.Nous proposons un système couplé d’EDO afin d’en déduire, d’une analyse microscopique de processusstochastiques, le comportement d’un nodule tumoral soumis ou non à une immunothérapie quiconsiste à attirer les CTL vers le nodule. Nous proposons alternativement un mouvement Brownienpour le déplacement non dirigé des CTL ou un processus d’Ornstein-Uhlenbeck pour des CTL dirigés.En utilisant des outils de temps d’atteinte et de mesures quasi-stationnaires, nous mettons en évidenceune transition de phase dans le nombre de CTL menant à l’éradication d’un nodule et que cettetransition se produit avec moins de CTL sous immunothérapie.Dans l’étude de l’activité cytolytique d’un CTL, nous proposons un modèle de mélange de lois dePoisson pour décrire le nombre de cellules cibles éliminées par un seul CTL. L’algorithme EM est misen place pour estimer les paramètres d’un tel mélange. Nous proposons alors un critère pénalisé nonasymptotique pour estimer le nombre de lois composant le mélange. Cela a mis en évidence l’existencede deux sous-populations de CTL, celle qui élimine beaucoup de cellules cibles et ceux qui en éliminepeu.Show less >
English abstract : [en]
This thesis studies some statistical and probability properties of the dynamic of Cytotoxic T Lymphocyte(CTL, immune cells) and a tumor nodule. This work is in close collaboration with SalvatoreValitutti team at INSERM. ...
Show more >This thesis studies some statistical and probability properties of the dynamic of Cytotoxic T Lymphocyte(CTL, immune cells) and a tumor nodule. This work is in close collaboration with SalvatoreValitutti team at INSERM. Considering the complexity of developing an in vitro tumor nodule, wedevelop an agent based model to describe and understand the interaction between CTL and tumor.Numerical experiments highlight two important parameters in CTL immune response against tumormass. Primarily the CTL displacement, in other words, direct CTL towards the nodule is in favor ofthe immune system rather than non oriented displacement. Moreover, the maximal number of tumorcells killed by one CTL is the second parameter, in this manner, the higher this number, the higherthe probability to eradicate the nodule.To decipher the tumor nodule behavior during an immunotherapy process that consists directingCTL toward tumor mass, a system of ODE, deduce from a microscopic analysis of stochasticprocesses, is developed. A Brownian motion describes the non-directed CTL displacement and aOrnstein-Uhlenbeck process is proposed for biased displacement of CTL. Using hitting time and quasistationarydistribution, we identify a phase transition in CTL number leading to tumor eradication,this number is lower under simulated immunotherapy (with a self-attracting CTL population).In the study of cytolytic activity of the CTL, we suggest a mixture model of Poisson distributions,to describe the number of target cells killed by one CTL. The EM algorithm is implemented to estimatethe parameter of such mixture. A non asymptotic penalized criteria is proposed to estimate the numberof components of the mixture. With such theoretical study applied on real dataset, we highlight theexistence of two CTL subpopulations, one that kills on average many target cells, and a second whichkill a few number of target cells.Show less >
Show more >This thesis studies some statistical and probability properties of the dynamic of Cytotoxic T Lymphocyte(CTL, immune cells) and a tumor nodule. This work is in close collaboration with SalvatoreValitutti team at INSERM. Considering the complexity of developing an in vitro tumor nodule, wedevelop an agent based model to describe and understand the interaction between CTL and tumor.Numerical experiments highlight two important parameters in CTL immune response against tumormass. Primarily the CTL displacement, in other words, direct CTL towards the nodule is in favor ofthe immune system rather than non oriented displacement. Moreover, the maximal number of tumorcells killed by one CTL is the second parameter, in this manner, the higher this number, the higherthe probability to eradicate the nodule.To decipher the tumor nodule behavior during an immunotherapy process that consists directingCTL toward tumor mass, a system of ODE, deduce from a microscopic analysis of stochasticprocesses, is developed. A Brownian motion describes the non-directed CTL displacement and aOrnstein-Uhlenbeck process is proposed for biased displacement of CTL. Using hitting time and quasistationarydistribution, we identify a phase transition in CTL number leading to tumor eradication,this number is lower under simulated immunotherapy (with a self-attracting CTL population).In the study of cytolytic activity of the CTL, we suggest a mixture model of Poisson distributions,to describe the number of target cells killed by one CTL. The EM algorithm is implemented to estimatethe parameter of such mixture. A non asymptotic penalized criteria is proposed to estimate the numberof components of the mixture. With such theoretical study applied on real dataset, we highlight theexistence of two CTL subpopulations, one that kills on average many target cells, and a second whichkill a few number of target cells.Show less >
Language :
Français
Collections :
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