Genomic analysis of smooth tubercle bacilli ...
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Article dans une revue scientifique: Article original
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Title :
Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis
Author(s) :
Supply, Philip [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Marceau, Michael [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Mangenot, Sophie [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Roche, David [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Génomique métabolique [UMR 8030]
Rouanet, Carine [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Khanna, Varun [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Majlessi, Laleh [Auteur]
Régulation Immunitaire et Vaccinologie
Criscuolo, Alexis [Auteur]
Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme) [PF8]
Tap, Julien [Auteur]
Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme) [PF8]
Pawlik, Alexandre [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Fiette, Laurence [Auteur]
Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines [UVSQ]
Histopathologie humaine et Modèles animaux
Orgeur, Mickael [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Fabre, Michel [Auteur]
Parmentier, Cécile [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Frigui, Wafa [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Simeone, Roxane [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Boritsch, Eva [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
debrie, Anne-sophie [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Mécanismes moléculaires de la pathogénie microbienne
Willery, Eve [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Walker, Danielle [Auteur]
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Quail, Michael [Auteur]
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Ma, Laurence [Auteur]
Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
Bouchier, Christiane [Auteur]
Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
Salvignol, Grégory [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Génomique métabolique [UMR 8030]
Sayes, Fadel [Auteur]
Régulation Immunitaire et Vaccinologie
Cascioferro, Alessandro [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Seemann, Torsten [Auteur]
Barbe, Valérie [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
Locht, Camille [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Mécanismes moléculaires de la pathogenèse bactérienne
Gutierrez, Maria-Cristina [Auteur]
Département Infection et Epidémiologie - Department of Infection and Epidemiology
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Leclerc, Claude [Auteur]
Régulation Immunitaire et Vaccinologie
Bentley, Stephen [Auteur]
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Stinear, Timothy [Auteur]
University of Melbourne
Brisse, Sylvain [Auteur]
Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme) [PF8]
Médigue, Claudine [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Génomique métabolique [UMR 8030]
Parkhill, Julian [Auteur]
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Cruveiller, Stéphane [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Génomique métabolique [UMR 8030]
Brosch, Roland [Auteur correspondant]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée

Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Marceau, Michael [Auteur]

Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Mangenot, Sophie [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Roche, David [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Génomique métabolique [UMR 8030]
Rouanet, Carine [Auteur]

Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Khanna, Varun [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Majlessi, Laleh [Auteur]
Régulation Immunitaire et Vaccinologie
Criscuolo, Alexis [Auteur]
Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme) [PF8]
Tap, Julien [Auteur]
Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme) [PF8]
Pawlik, Alexandre [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Fiette, Laurence [Auteur]
Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines [UVSQ]
Histopathologie humaine et Modèles animaux
Orgeur, Mickael [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Fabre, Michel [Auteur]
Parmentier, Cécile [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Frigui, Wafa [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Simeone, Roxane [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Boritsch, Eva [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
debrie, Anne-sophie [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Mécanismes moléculaires de la pathogénie microbienne
Willery, Eve [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Walker, Danielle [Auteur]
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Quail, Michael [Auteur]
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Ma, Laurence [Auteur]
Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
Bouchier, Christiane [Auteur]
Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
Salvignol, Grégory [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Génomique métabolique [UMR 8030]
Sayes, Fadel [Auteur]
Régulation Immunitaire et Vaccinologie
Cascioferro, Alessandro [Auteur]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Seemann, Torsten [Auteur]
Barbe, Valérie [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
Locht, Camille [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Mécanismes moléculaires de la pathogenèse bactérienne
Gutierrez, Maria-Cristina [Auteur]
Département Infection et Epidémiologie - Department of Infection and Epidemiology
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Leclerc, Claude [Auteur]
Régulation Immunitaire et Vaccinologie
Bentley, Stephen [Auteur]
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Stinear, Timothy [Auteur]
University of Melbourne
Brisse, Sylvain [Auteur]
Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme) [PF8]
Médigue, Claudine [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Génomique métabolique [UMR 8030]
Parkhill, Julian [Auteur]
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Cruveiller, Stéphane [Auteur]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives [CEA]
Génomique métabolique [UMR 8030]
Brosch, Roland [Auteur correspondant]
Pathogénomique mycobactérienne intégrée
Journal title :
Nature Genetics
Pages :
172-179
Publisher :
Nature Publishing Group
Publication date :
2013-02
ISSN :
1061-4036
HAL domain(s) :
Sciences du Vivant [q-bio]
English abstract : [en]
Global spread and limited genetic variation are hallmarks of M. tuberculosis, the agent of human tuberculosis. In contrast, Mycobacterium canettii and related tubercle bacilli that also cause human tuberculosis and exhibit ...
Show more >Global spread and limited genetic variation are hallmarks of M. tuberculosis, the agent of human tuberculosis. In contrast, Mycobacterium canettii and related tubercle bacilli that also cause human tuberculosis and exhibit unusual smooth colony morphology are restricted to East Africa. Here, we sequenced and analyzed the whole genomes of five representative strains of smooth tubercle bacilli (STB) using Sanger (4-5× coverage), 454/Roche (13-18× coverage) and/or Illumina DNA sequencing (45-105× coverage). We show that STB isolates are highly recombinogenic and evolutionarily early branching, with larger genome sizes, higher rates of genetic variation, fewer molecular scars and distinct CRISPR-Cas systems relative to M. tuberculosis. Despite the differences, all tuberculosis-causing mycobacteria share a highly conserved core genome. Mouse infection experiments showed that STB strains are less persistent and virulent than M. tuberculosis. We conclude that M. tuberculosis emerged from an ancestral STB-like pool of mycobacteria by gain of persistence and virulence mechanisms, and we provide insights into the molecular events involved.Show less >
Show more >Global spread and limited genetic variation are hallmarks of M. tuberculosis, the agent of human tuberculosis. In contrast, Mycobacterium canettii and related tubercle bacilli that also cause human tuberculosis and exhibit unusual smooth colony morphology are restricted to East Africa. Here, we sequenced and analyzed the whole genomes of five representative strains of smooth tubercle bacilli (STB) using Sanger (4-5× coverage), 454/Roche (13-18× coverage) and/or Illumina DNA sequencing (45-105× coverage). We show that STB isolates are highly recombinogenic and evolutionarily early branching, with larger genome sizes, higher rates of genetic variation, fewer molecular scars and distinct CRISPR-Cas systems relative to M. tuberculosis. Despite the differences, all tuberculosis-causing mycobacteria share a highly conserved core genome. Mouse infection experiments showed that STB strains are less persistent and virulent than M. tuberculosis. We conclude that M. tuberculosis emerged from an ancestral STB-like pool of mycobacteria by gain of persistence and virulence mechanisms, and we provide insights into the molecular events involved.Show less >
Language :
Anglais
Peer reviewed article :
Oui
Audience :
Internationale
Popular science :
Non
Source :
Files
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