A workflow to process 3D+time microscopy ...
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Compte-rendu et recension critique d'ouvrage
DOI :
PMID :
Titre :
A workflow to process 3D+time microscopy images of developing organisms and reconstruct their cell lineage
Auteur(s) :
Faure, Emmanuel [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Centre de recherche en épistémologie appliquée [CREA]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Savy, Thierry [Auteur]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
BioEmergences
Rizzi, Barbara [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Melani, Camilo [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
BioEmergences
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Stašová, Olga [Auteur]
Fabrèges, Dimitri [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
BioEmergences
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Špir, Róbert [Auteur]
Hammons, Mark [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Čúnderlík, Róbert [Auteur]
Recher, Gaëlle [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Lombardot, Benoit [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Centre de recherche en épistémologie appliquée [CREA]
BioEmergences
Duloquin, Louise [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Colin, Ingrid [Auteur]
Institut des Neurosciences Paris-Saclay [NeuroPSI]
Kollár, Jozef [Auteur]
Desnoulez, Sophie [Auteur]
Neurobiologie et Développement [N&eD]
Institut de Neurobiologie Alfred Fessard [INAF]
Affaticati, Pierre [Auteur]
Institut des Neurosciences Paris-Saclay [NeuroPSI]
Maury, Benoit [Auteur]
BioEmergences
Boyreau, Adeline [Auteur]
BioEmergences
Nief, Jean-Yves [Auteur]
Centre de Calcul de l'IN2P3 [CC-IN2P3]
Calvat, Pascal [Auteur]
Centre de Calcul de l'IN2P3 [CC-IN2P3]
Vernier, Philippe [Auteur]
Institut des Neurosciences Paris-Saclay [NeuroPSI]
Frain, Monique [Auteur]
BioEmergences
Lutfalla, Georges [Auteur]
Dynamique des interactions membranaires normales et pathologiques [DIMNP]
Kergosien, Yannick [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
BioEmergences
Laboratoire d'Informatique Médicale et Ingénierie des Connaissances en e-Santé [LIMICS]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Suret, Pierre [Auteur]
Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 [PhLAM]
Remešíková, Mariana [Auteur]
Doursat, René [Auteur]
BioEmergences
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Centre de recherche en épistémologie appliquée [CREA]
Sarti, Alessandro [Auteur]
Alma Mater Studiorum Università di Bologna = University of Bologna [UNIBO]
Mikula, Karol [Auteur]
Peyriéras, Nadine [Auteur]
BioEmergences
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Bourgine, Paul [Auteur]
Centre de recherche en épistémologie appliquée [CREA]
BioEmergences
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Centre de recherche en épistémologie appliquée [CREA]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Savy, Thierry [Auteur]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
BioEmergences
Rizzi, Barbara [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Melani, Camilo [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
BioEmergences
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Stašová, Olga [Auteur]
Fabrèges, Dimitri [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
BioEmergences
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Špir, Róbert [Auteur]
Hammons, Mark [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Čúnderlík, Róbert [Auteur]
Recher, Gaëlle [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Lombardot, Benoit [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Centre de recherche en épistémologie appliquée [CREA]
BioEmergences
Duloquin, Louise [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
BioEmergences
Colin, Ingrid [Auteur]
Institut des Neurosciences Paris-Saclay [NeuroPSI]
Kollár, Jozef [Auteur]
Desnoulez, Sophie [Auteur]
Neurobiologie et Développement [N&eD]
Institut de Neurobiologie Alfred Fessard [INAF]
Affaticati, Pierre [Auteur]
Institut des Neurosciences Paris-Saclay [NeuroPSI]
Maury, Benoit [Auteur]
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Boyreau, Adeline [Auteur]
BioEmergences
Nief, Jean-Yves [Auteur]
Centre de Calcul de l'IN2P3 [CC-IN2P3]
Calvat, Pascal [Auteur]
Centre de Calcul de l'IN2P3 [CC-IN2P3]
Vernier, Philippe [Auteur]
Institut des Neurosciences Paris-Saclay [NeuroPSI]
Frain, Monique [Auteur]
BioEmergences
Lutfalla, Georges [Auteur]
Dynamique des interactions membranaires normales et pathologiques [DIMNP]
Kergosien, Yannick [Auteur]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
BioEmergences
Laboratoire d'Informatique Médicale et Ingénierie des Connaissances en e-Santé [LIMICS]
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Suret, Pierre [Auteur]
Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 [PhLAM]
Remešíková, Mariana [Auteur]
Doursat, René [Auteur]
BioEmergences
Réseau National des Systèmes Complexes [RNSC]
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Centre de recherche en épistémologie appliquée [CREA]
Sarti, Alessandro [Auteur]
Alma Mater Studiorum Università di Bologna = University of Bologna [UNIBO]
Mikula, Karol [Auteur]
Peyriéras, Nadine [Auteur]
BioEmergences
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Bourgine, Paul [Auteur]
Centre de recherche en épistémologie appliquée [CREA]
BioEmergences
Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France [ISC-PIF]
Titre de la revue :
Nature Communications
Pagination :
8674
Éditeur :
Nature Publishing Group
Date de publication :
2016-02-25
ISSN :
2041-1723
Discipline(s) HAL :
Sciences du Vivant [q-bio]/Biologie du développement
Sciences du Vivant [q-bio]/Neurosciences [q-bio.NC]/Psychologie et comportements
Sciences cognitives
Sciences du Vivant [q-bio]/Neurosciences [q-bio.NC]/Psychologie et comportements
Sciences cognitives
Résumé en anglais : [en]
The quantitative and systematic analysis of embryonic cell dynamics from in vivo 3Dþtime image data sets is a major challenge at the forefront of developmental biology. Despite recent breakthroughs in the microscopy imaging ...
Lire la suite >The quantitative and systematic analysis of embryonic cell dynamics from in vivo 3Dþtime image data sets is a major challenge at the forefront of developmental biology. Despite recent breakthroughs in the microscopy imaging of living systems, producing an accurate cell lineage tree for any developing organism remains a difficult task. We present here the BioEmergences workflow integrating all reconstruction steps from image acquisition and processing to the interactive visualization of reconstructed data. Original mathematical methods and algorithms underlie image filtering, nucleus centre detection, nucleus and membrane segmentation, and cell tracking. They are demonstrated on zebrafish, ascidian and sea urchin embryos with stained nuclei and membranes. Subsequent validation and annotations are carried out using Mov-IT, a custom-made graphical interface. Compared with eight other software tools, our workflow achieved the best lineage score. Delivered in standalone or web service mode, BioEmergences and Mov-IT offer a unique set of tools for in silico experimental embryology.Lire moins >
Lire la suite >The quantitative and systematic analysis of embryonic cell dynamics from in vivo 3Dþtime image data sets is a major challenge at the forefront of developmental biology. Despite recent breakthroughs in the microscopy imaging of living systems, producing an accurate cell lineage tree for any developing organism remains a difficult task. We present here the BioEmergences workflow integrating all reconstruction steps from image acquisition and processing to the interactive visualization of reconstructed data. Original mathematical methods and algorithms underlie image filtering, nucleus centre detection, nucleus and membrane segmentation, and cell tracking. They are demonstrated on zebrafish, ascidian and sea urchin embryos with stained nuclei and membranes. Subsequent validation and annotations are carried out using Mov-IT, a custom-made graphical interface. Compared with eight other software tools, our workflow achieved the best lineage score. Delivered in standalone or web service mode, BioEmergences and Mov-IT offer a unique set of tools for in silico experimental embryology.Lire moins >
Langue :
Anglais
Vulgarisation :
Non
Projet ANR :
Imagerie et reconstruction multiéchelles de la morphogenèse. (Plateforme d'innovation technologique et méthodologique pour l'imagerie in vivo et la reconstruction des dynamiques multiéchelles de la morphogenèse)
Transgenèse pour les Etudes Fonctionnelles sur les Organismes modèles
Développement d'une infrastructure française distribuée coordonnée
Transgenèse pour les Etudes Fonctionnelles sur les Organismes modèles
Développement d'une infrastructure française distribuée coordonnée
Source :
Fichiers
- https://hal.umontpellier.fr/hal-02086959/document
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- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4773431/pdf
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