Analyses OMICS des tumeurs du système ...
Type de document :
Habilitation à diriger des recherches
URL permanente :
Titre :
Analyses OMICS des tumeurs du système nerveux central
Titre en anglais :
High throughput profiling of central nervous system tumors
Auteur(s) :
Le Rhun, Emilie [Auteur]
Protéomique, Réponse Inflammatoire, Spectrométrie de Masse (PRISM) - U 1192 [PRISM]
Protéomique, Réponse Inflammatoire, Spectrométrie de Masse (PRISM) - U 1192 [PRISM]
Directeur(s) de thèse :
Salzet, Michel
Date de soutenance :
2020-01-23
Président du jury :
Uro-Coste, Emmanuelle
Organisme de délivrance :
Université de Lille
École doctorale :
Ecole Doctorale Biologie Sante de Lille
Mot(s)-clé(s) :
Gliomes
Glioblastomes -- Classification
Métastases leptoméningées
Imagerie spectroscopique MALDI
Protéomique
Exosomes
Glioblastomes -- Classification
Métastases leptoméningées
Imagerie spectroscopique MALDI
Protéomique
Exosomes
Mot(s)-clé(s) en anglais :
Glioma
Glioblastoma -- Classification
Leptomeningeal metastases
MALDI Spectroscopic imaging
Proteomics
Exosomes
Glioblastoma -- Classification
Leptomeningeal metastases
MALDI Spectroscopic imaging
Proteomics
Exosomes
Résumé :
Les tumeurs du système nerveux central (SNC) sont généralement classées en
tumeurs primitives et tumeurs métastatiques du SNC. Leur prise en charge et leur pronostic
varient selon les différentes entités tumorales. Au ...
Lire la suite >Les tumeurs du système nerveux central (SNC) sont généralement classées en tumeurs primitives et tumeurs métastatiques du SNC. Leur prise en charge et leur pronostic varient selon les différentes entités tumorales. Au laboratoire PRISM, nous avons choisi de nous intéresser aux gliomes, tumeur primitive fréquente, et aux méningites tumorales, sous-type de métastases au niveau du SNC. Dans un premier travail sur les tumeurs primitives du SNC (GLIOMIC NCT02473484), notre objectif est d'établir et de valider une classification protéomique des glioblastomes, tumeurs cérébrales malignes les plus fréquentes. Nous avons initialement recruté une cohorte prospective de 50 patients opérés pour un glioblastome. Nous avons réalisé dans un premier temps de l’imagerie par spectrométrie de masse qui a été suivie d'analyses statistiques non supervisées. La segmentation des images MALDI MS, réalisée dans un second temps a confirmé l'hétérogénéité des tumeurs. Trois groupes principaux ont pu être identifiés et utilisés pour effectuer des analyses protéomiques spatialement résolues. Des micro-extractions ont ensuite été réalisées et une analyse non supervisée a permis l'identification de 3 sous-groupes correspondant aux 3 clusters. Les analyses des systèmes biologiques ont identifié des groupes de protéines différentes impliquées dans les 3 groupes identifiés. L'objectif principal de l'étude est de corréler les sous-groupes identifiés lors de l'analyse protéomique avec la survie des patients et de déterminer la valeur pronostique de la classification protéomique en prenant en compte les autres facteurs pronostiques bien connus cliniques et de biologie moléculaire des glioblastomes. Cette classification a été validée par des études comparées à données de transcriptomique, par des analyses de deep learning, et va être validée par Immunocytochimie. Les autres objectifs de l'étude sont de mieux comprendre les mécanismes de résistance au traitement, d'identifier de potentielles nouvelles cibles thérapeutiques et de nouveaux marqueurs sanguins qui pourraient aider au suivi et à la prise en charge des patients atteints de glioblastome. Ces données vont nécessiter une validation dans une cohorte indépendante d'échantillons tumoraux de patients ayant présenté un glioblastome. La signification des données de protéomique parmi d'autres nouvelles approches utilisées pour la classification des gliomes sera également explorée. Les autres projets sur les gliomes incluent notamment la détermination du rôle des analyses protéomiques au sein des gliomes selon le statut de leur sous type de mutation isocitrate dehydrogenase (IDH) et de codélétion chromosomique 1p19q. Le second projet principal est de déterminer le rôle potentiel des exosomes identifiés dans le liquide cérébro-spinal (LCS) (ou liquide céphalo-rachidien LCR) des patients avec une suspicion d'atteinte méningée métastatique, afin de rechercher une potentielle signature dans le LCS en cas d'atteinte méningée métastatique et d'explorer le rôle pronostique de ces nouveaux paramètres dans le LCS. Une corrélation entre les résultats obtenus dans le sang et dans le LCS sera également réalisée. Les inclusions dans l'étude Exo LCR (NCT03974204) doivent débuter prochainement.Lire moins >
Lire la suite >Les tumeurs du système nerveux central (SNC) sont généralement classées en tumeurs primitives et tumeurs métastatiques du SNC. Leur prise en charge et leur pronostic varient selon les différentes entités tumorales. Au laboratoire PRISM, nous avons choisi de nous intéresser aux gliomes, tumeur primitive fréquente, et aux méningites tumorales, sous-type de métastases au niveau du SNC. Dans un premier travail sur les tumeurs primitives du SNC (GLIOMIC NCT02473484), notre objectif est d'établir et de valider une classification protéomique des glioblastomes, tumeurs cérébrales malignes les plus fréquentes. Nous avons initialement recruté une cohorte prospective de 50 patients opérés pour un glioblastome. Nous avons réalisé dans un premier temps de l’imagerie par spectrométrie de masse qui a été suivie d'analyses statistiques non supervisées. La segmentation des images MALDI MS, réalisée dans un second temps a confirmé l'hétérogénéité des tumeurs. Trois groupes principaux ont pu être identifiés et utilisés pour effectuer des analyses protéomiques spatialement résolues. Des micro-extractions ont ensuite été réalisées et une analyse non supervisée a permis l'identification de 3 sous-groupes correspondant aux 3 clusters. Les analyses des systèmes biologiques ont identifié des groupes de protéines différentes impliquées dans les 3 groupes identifiés. L'objectif principal de l'étude est de corréler les sous-groupes identifiés lors de l'analyse protéomique avec la survie des patients et de déterminer la valeur pronostique de la classification protéomique en prenant en compte les autres facteurs pronostiques bien connus cliniques et de biologie moléculaire des glioblastomes. Cette classification a été validée par des études comparées à données de transcriptomique, par des analyses de deep learning, et va être validée par Immunocytochimie. Les autres objectifs de l'étude sont de mieux comprendre les mécanismes de résistance au traitement, d'identifier de potentielles nouvelles cibles thérapeutiques et de nouveaux marqueurs sanguins qui pourraient aider au suivi et à la prise en charge des patients atteints de glioblastome. Ces données vont nécessiter une validation dans une cohorte indépendante d'échantillons tumoraux de patients ayant présenté un glioblastome. La signification des données de protéomique parmi d'autres nouvelles approches utilisées pour la classification des gliomes sera également explorée. Les autres projets sur les gliomes incluent notamment la détermination du rôle des analyses protéomiques au sein des gliomes selon le statut de leur sous type de mutation isocitrate dehydrogenase (IDH) et de codélétion chromosomique 1p19q. Le second projet principal est de déterminer le rôle potentiel des exosomes identifiés dans le liquide cérébro-spinal (LCS) (ou liquide céphalo-rachidien LCR) des patients avec une suspicion d'atteinte méningée métastatique, afin de rechercher une potentielle signature dans le LCS en cas d'atteinte méningée métastatique et d'explorer le rôle pronostique de ces nouveaux paramètres dans le LCS. Une corrélation entre les résultats obtenus dans le sang et dans le LCS sera également réalisée. Les inclusions dans l'étude Exo LCR (NCT03974204) doivent débuter prochainement.Lire moins >
Résumé en anglais : [en]
Central nervous system (CNS) tumors can be divided into primary brain tumors and
metastatic CNS tumors. Their management and prognosis vary between the different types.
At PRISM laboratory we have chosen to focus on ...
Lire la suite >Central nervous system (CNS) tumors can be divided into primary brain tumors and metastatic CNS tumors. Their management and prognosis vary between the different types. At PRISM laboratory we have chosen to focus on glioma, a common primary brain tumor, and leptomeningeal metastases, a specific subtype of metastatic spread to the CNS. In a first work on primary brain tumors (GLIOMIC NCT02473484), our objective is to establish and validate a proteomic classification of glioblastoma, the most frequent malignant primary brain tumor. We first defined a prospective cohort of 50 glioblastoma patients. Mass spectrometry imaging followed by non-supervised statistical analyses was performed first. Second, MALDI MS images segmentation was performed and confirmed the tumor heterogeneity. Nevertheless, 3 main clusters were retrieved and used to perform spatially-resolved proteomics. Micro-extractions were then performed and the unsupervised analyses allowed the identification of 3 subgroups corresponding to the 3 clusters. The systemic biology analyses showed different main groups of proteins implicated in the 3 groups. The primary endpoint of the study is to correlate proteomic subgroups with the survival of patients and to determine the prognostic value of the proteomic classification compared with other well-known clinical and molecular prognostic factors of glioblastoma. This classification has been validated by transcriptomic analysis, by deep-learning analysis and will be also cross-validated by immunohistochemistry. Other objectives of this study are to better understand the mechanisms of resistance to treatment, to identify potential new targets for treatment and to identify markers in the blood that might aid in the follow-up and the management of glioblastoma patients. These data will require a validation among an independent set of glioblastoma samples of patients. The significance of the proteomic classification among other new approaches used for the classification of glioma will be explored. Other projects on glioma include the determination of the role of proteomic analysis among gliomas stratified by their isocitrate dehydrogenase (IDH) mutation and 1p19q chromosomal codeletion statuses. The second main project is to determine the potential role of exosomes identified in the cerebrospinal fluid (CSF) of patients with a suspicion of leptomeningeal metastases, to explore a potential CSF signature of leptomeningeal metastases and explore a potential prognostic role of such novel CSF parameters. A correlation between CSF and blood findings will also be performed. The enrollment in the Exo LCR study (NCT NCT03974204) will start soon.Lire moins >
Lire la suite >Central nervous system (CNS) tumors can be divided into primary brain tumors and metastatic CNS tumors. Their management and prognosis vary between the different types. At PRISM laboratory we have chosen to focus on glioma, a common primary brain tumor, and leptomeningeal metastases, a specific subtype of metastatic spread to the CNS. In a first work on primary brain tumors (GLIOMIC NCT02473484), our objective is to establish and validate a proteomic classification of glioblastoma, the most frequent malignant primary brain tumor. We first defined a prospective cohort of 50 glioblastoma patients. Mass spectrometry imaging followed by non-supervised statistical analyses was performed first. Second, MALDI MS images segmentation was performed and confirmed the tumor heterogeneity. Nevertheless, 3 main clusters were retrieved and used to perform spatially-resolved proteomics. Micro-extractions were then performed and the unsupervised analyses allowed the identification of 3 subgroups corresponding to the 3 clusters. The systemic biology analyses showed different main groups of proteins implicated in the 3 groups. The primary endpoint of the study is to correlate proteomic subgroups with the survival of patients and to determine the prognostic value of the proteomic classification compared with other well-known clinical and molecular prognostic factors of glioblastoma. This classification has been validated by transcriptomic analysis, by deep-learning analysis and will be also cross-validated by immunohistochemistry. Other objectives of this study are to better understand the mechanisms of resistance to treatment, to identify potential new targets for treatment and to identify markers in the blood that might aid in the follow-up and the management of glioblastoma patients. These data will require a validation among an independent set of glioblastoma samples of patients. The significance of the proteomic classification among other new approaches used for the classification of glioma will be explored. Other projects on glioma include the determination of the role of proteomic analysis among gliomas stratified by their isocitrate dehydrogenase (IDH) mutation and 1p19q chromosomal codeletion statuses. The second main project is to determine the potential role of exosomes identified in the cerebrospinal fluid (CSF) of patients with a suspicion of leptomeningeal metastases, to explore a potential CSF signature of leptomeningeal metastases and explore a potential prognostic role of such novel CSF parameters. A correlation between CSF and blood findings will also be performed. The enrollment in the Exo LCR study (NCT NCT03974204) will start soon.Lire moins >
Langue :
Anglais
Français
Français
Date de dépôt :
2021-02-10T13:58:46Z
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