A genome-wide association study identifies ...
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Article dans une revue scientifique: Article original
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Titre :
A genome-wide association study identifies susceptibility loci for primary central nervous system lymphoma at 6p25.3 and 3p22.1: a LOC Network study
Auteur(s) :
Labreche, K. [Auteur]
Daniau, M. [Auteur]
Sud, A. [Auteur]
Law, P. J. [Auteur]
Royer-Perron, L. [Auteur]
Holroyd, A. [Auteur]
Broderick, P. [Auteur]
Went, M. [Auteur]
Benazra, M. [Auteur]
Ahle, G. [Auteur]
Soubeyran, P. [Auteur]
Taillandier, L. [Auteur]
Chinot, O. L. [Auteur]
Casasnovas, O. [Auteur]
Bay, J. O. [Auteur]
Jardin, F. [Auteur]
Oberic, L. [Auteur]
Fabbro, M. [Auteur]
Damaj, G. [Auteur]
Brion, A. [Auteur]
Mokhtari, K. [Auteur]
Philippe, C. [Auteur]
Sanson, M. [Auteur]
Houillier, C. [Auteur]
Soussain, C. [Auteur]
Hoang-Xuan, K. [Auteur]
Houlston, R. S. [Auteur]
Alentorn, A. [Auteur]
Moles-Moreau, M. P. [Auteur]
Gressin, R. [Auteur]
Delwail, V. [Auteur]
Morschhauser, Franck [Auteur]
Groupe de Recherche sur les formes Injectables et les Technologies Associées (GRITA) - ULR 7365
Agape, P. [Auteur]
Jaccard, A. [Auteur]
Ghesquieres, H. [Auteur]
Tempescul, A. [Auteur]
Gyan, E. [Auteur]
Marolleau, J. P. [Auteur]
Houot, R. [Auteur]
Fornecker, L. [Auteur]
Di Stefano, A. L. [Auteur]
Detrait, I. [Auteur]
Rahimian, A. [Auteur]
Lathrop, M. [Auteur]
Genet, D. [Auteur]
Davi, F. [Auteur]
Cassoux, N. [Auteur]
Touitou, V. [Auteur]
Choquet, S. [Auteur]
Vital, A. [Auteur]
Polivka, M. [Auteur]
Figarella-Branger, D. [Auteur]
Benouaich-Amiel, A. [Auteur]
Campello, C. [Auteur]
Charlotte, F. [Auteur]
Martin-Duverneuil, N. [Auteur]
Feuvret, L. [Auteur]
Kas, A. [Auteur]
Navarro, S. [Auteur]
Villa, C. [Auteur]
Bielle, F. [Auteur]
Chretien, F. [Auteur]
Tortel, M. C. [Auteur]
Gauchotte, G. [Auteur]
Uro-Coste, E. [Auteur]
Godfrain, C. [Auteur]
Rigau, V. [Auteur]
Costopoulos, M. [Auteur]
Le Garff-Tavernier, M. [Auteur]
Meyronnet, D. [Auteur]
Rousseau, A. [Auteur]
Adam, C. [Auteur]
Lamy, T. [Auteur]
Chabrot, C. [Auteur]
Boyle, E. M. [Auteur]
Blonski, M. [Auteur]
Schmitt, A. [Auteur]
Daniau, M. [Auteur]
Sud, A. [Auteur]
Law, P. J. [Auteur]
Royer-Perron, L. [Auteur]
Holroyd, A. [Auteur]
Broderick, P. [Auteur]
Went, M. [Auteur]
Benazra, M. [Auteur]
Ahle, G. [Auteur]
Soubeyran, P. [Auteur]
Taillandier, L. [Auteur]
Chinot, O. L. [Auteur]
Casasnovas, O. [Auteur]
Bay, J. O. [Auteur]
Jardin, F. [Auteur]
Oberic, L. [Auteur]
Fabbro, M. [Auteur]
Damaj, G. [Auteur]
Brion, A. [Auteur]
Mokhtari, K. [Auteur]
Philippe, C. [Auteur]
Sanson, M. [Auteur]
Houillier, C. [Auteur]
Soussain, C. [Auteur]
Hoang-Xuan, K. [Auteur]
Houlston, R. S. [Auteur]
Alentorn, A. [Auteur]
Moles-Moreau, M. P. [Auteur]
Gressin, R. [Auteur]
Delwail, V. [Auteur]
Morschhauser, Franck [Auteur]
Groupe de Recherche sur les formes Injectables et les Technologies Associées (GRITA) - ULR 7365
Agape, P. [Auteur]
Jaccard, A. [Auteur]
Ghesquieres, H. [Auteur]
Tempescul, A. [Auteur]
Gyan, E. [Auteur]
Marolleau, J. P. [Auteur]
Houot, R. [Auteur]
Fornecker, L. [Auteur]
Di Stefano, A. L. [Auteur]
Detrait, I. [Auteur]
Rahimian, A. [Auteur]
Lathrop, M. [Auteur]
Genet, D. [Auteur]
Davi, F. [Auteur]
Cassoux, N. [Auteur]
Touitou, V. [Auteur]
Choquet, S. [Auteur]
Vital, A. [Auteur]
Polivka, M. [Auteur]
Figarella-Branger, D. [Auteur]
Benouaich-Amiel, A. [Auteur]
Campello, C. [Auteur]
Charlotte, F. [Auteur]
Martin-Duverneuil, N. [Auteur]
Feuvret, L. [Auteur]
Kas, A. [Auteur]
Navarro, S. [Auteur]
Villa, C. [Auteur]
Bielle, F. [Auteur]
Chretien, F. [Auteur]
Tortel, M. C. [Auteur]
Gauchotte, G. [Auteur]
Uro-Coste, E. [Auteur]
Godfrain, C. [Auteur]
Rigau, V. [Auteur]
Costopoulos, M. [Auteur]
Le Garff-Tavernier, M. [Auteur]
Meyronnet, D. [Auteur]
Rousseau, A. [Auteur]
Adam, C. [Auteur]
Lamy, T. [Auteur]
Chabrot, C. [Auteur]
Boyle, E. M. [Auteur]
Blonski, M. [Auteur]
Schmitt, A. [Auteur]
Titre de la revue :
Neuro-Oncology
Numéro :
21
Pagination :
1039-1048
Éditeur :
Oxford Academic
Date de publication :
2019-11-16
ISSN :
1522-8517
Mot(s)-clé(s) :
primary CNS lymphoma
GWAS
cancer susceptibility
GWAS
cancer susceptibility
Discipline(s) HAL :
Sciences du Vivant [q-bio]
Résumé en anglais : [en]
Background
Primary central nervous system lymphoma (PCNSL) is a rare form of extra-nodal non-Hodgkin lymphoma. PCNSL is a distinct subtype of non-Hodgkin lymphoma, with over 95% of tumors belonging to the diffuse large ...
Lire la suite >Background Primary central nervous system lymphoma (PCNSL) is a rare form of extra-nodal non-Hodgkin lymphoma. PCNSL is a distinct subtype of non-Hodgkin lymphoma, with over 95% of tumors belonging to the diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) group. We have conducted a genome-wide association study (GWAS) on immunocompetent patients to address the possibility that common genetic variants influence the risk of developing PCNSL. Methods We performed a meta-analysis of 2 new GWASs of PCNSL totaling 475 cases and 1134 controls of European ancestry. To increase genomic resolution, we imputed >10 million single nucleotide polymorphisms using the 1000 Genomes Project combined with UK10K as reference. In addition we performed a transcription factor binding disruption analysis and investigated the patterns of local chromatin by Capture Hi-C data. Results We identified independent risk loci at 3p22.1 (rs41289586, ANO10, P = 2.17 × 10−8) and 6p25.3 near EXOC2 (rs116446171, P = 1.95 x 10−13). In contrast, the lack of an association between rs41289586 and DLBCL suggests distinct germline predisposition to PCNSL and DLBCL. We found looping chromatin interactions between noncoding regions at 6p25.3 (rs11646171) with the IRF4 promoter and at 8q24.21 (rs13254990) with the MYC promoter, both genes with strong relevance to B-cell tumorigenesis. Conclusion To our knowledge this is the first study providing insight into the genetic predisposition to PCNSL. Our findings represent an important step in defining the contribution of common genetic variation to the risk of developing PCNSL.Lire moins >
Lire la suite >Background Primary central nervous system lymphoma (PCNSL) is a rare form of extra-nodal non-Hodgkin lymphoma. PCNSL is a distinct subtype of non-Hodgkin lymphoma, with over 95% of tumors belonging to the diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) group. We have conducted a genome-wide association study (GWAS) on immunocompetent patients to address the possibility that common genetic variants influence the risk of developing PCNSL. Methods We performed a meta-analysis of 2 new GWASs of PCNSL totaling 475 cases and 1134 controls of European ancestry. To increase genomic resolution, we imputed >10 million single nucleotide polymorphisms using the 1000 Genomes Project combined with UK10K as reference. In addition we performed a transcription factor binding disruption analysis and investigated the patterns of local chromatin by Capture Hi-C data. Results We identified independent risk loci at 3p22.1 (rs41289586, ANO10, P = 2.17 × 10−8) and 6p25.3 near EXOC2 (rs116446171, P = 1.95 x 10−13). In contrast, the lack of an association between rs41289586 and DLBCL suggests distinct germline predisposition to PCNSL and DLBCL. We found looping chromatin interactions between noncoding regions at 6p25.3 (rs11646171) with the IRF4 promoter and at 8q24.21 (rs13254990) with the MYC promoter, both genes with strong relevance to B-cell tumorigenesis. Conclusion To our knowledge this is the first study providing insight into the genetic predisposition to PCNSL. Our findings represent an important step in defining the contribution of common genetic variation to the risk of developing PCNSL.Lire moins >
Langue :
Anglais
Audience :
Internationale
Établissement(s) :
Université de Lille
CHU Lille
CHU Lille
Collections :
Date de dépôt :
2023-05-25T03:49:41Z
2023-09-27T08:30:02Z
2023-09-27T08:33:32Z
2023-09-27T08:30:02Z
2023-09-27T08:33:32Z