Multiomic analysis of malignant pleural ...
Document type :
Article dans une revue scientifique: Article original
PMID :
Title :
Multiomic analysis of malignant pleural mesothelioma identifies molecular axes and specialized tumor profiles driving intertumor heterogeneity
Author(s) :
Mangiante, Lise [Auteur]
Stanford University
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Alcala, Nicolas [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Sexton-Oates, Alexandra [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Di Genova, Alex [Auteur]
Centre de modélisation mathématique / Centro de Modelamiento Matemático [Santiago] [CMM]
Universidad de O'Higgins [UOH]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Gonzalez-Perez, Abel [Auteur]
Instituto de Salud Carlos III [Madrid] [ISCIII]
Barcelona Institute of Science and Technology [BIST]
Khandekar, Azhar [Auteur]
University of California [San Diego] [UC San Diego]
Bergstrom, Erik [Auteur]
University of California [San Diego] [UC San Diego]
Kim, Jaehee [Auteur]
Cornell University [New York]
Stanford University
Liu, Xiran [Auteur]
Stanford University
Blazquez-Encinas, Ricardo [Auteur]
Hospital Universitario Reina Sofía de Córdoba
Instituto Maimonides de Investigación Biomédica de Cordoba [IMIBIC]
Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba]
Giacobi, Colin [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Le Stang, Nolwenn [Auteur]
Centre Léon Bérard [Lyon]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Boyault, Sandrine [Auteur]
Centre Léon Bérard [Lyon]
Cuenin, Cyrille [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Tabone-Eglinger, Severine [Auteur]
Centre Léon Bérard [Lyon]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Damiola, Francesca [Auteur]
Centre Léon Bérard [Lyon]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Voegele, Catherine [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Ardin, Maude [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Michallet, Marie-Cécile [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Soudade, Lorraine [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Delhomme, Tiffany [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Poret, Arnaud [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Brevet, Marie [Auteur]
Cypath and Cypath-rb [Villeurbanne] [2C]
Copin, Marie-Christine [Auteur]
Tumorothèque du Centre de Référence Régional en Cancérologie [CHRU Lille] [T-C2RC]
Giusiano-Courcambeck, Sophie [Auteur]
Hôpital Nord [CHU - APHM]
Damotte, Diane [Auteur]
Centre de Recherche des Cordeliers [CRC (UMR_S_1138 / U1138)]
Girard, Cecile [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital [CHU Nantes]
Hofman, Veronique [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nice [CHU Nice]
Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement [IRCAN]
Université Côte d'Azur [UniCA]
FHU OncoAge - Pathologies liées à l’âge [CHU Nice] [OncoAge]
Hofman, Paul [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nice [CHU Nice]
Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement [IRCAN]
Université Côte d'Azur [UniCA]
FHU OncoAge - Pathologies liées à l’âge [CHU Nice] [OncoAge]
Mouroux, Jérôme [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nice [CHU Nice]
Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement [IRCAN]
Université Côte d'Azur [UniCA]
FHU OncoAge - Pathologies liées à l’âge [CHU Nice] [OncoAge]
Cohen, Charlotte [Auteur]
Hôpital Pasteur [Nice] [CHU]
FHU OncoAge - Pathologies liées à l’âge [CHU Nice] [OncoAge]
Lacomme, Stephanie [Auteur]
Centre de Ressources Biologiques - [Nancy] [CRB Nancy]
Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux [NGERE]
Mazieres, Julien [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse [CHU Toulouse]
Université Toulouse III - Paul Sabatier [UT3]
de Montpreville, Vincent Thomas [Auteur]
Hôpital Marie-Lannelongue
Perrin, Corinne [Auteur]
Planchard, Gaetane [Auteur]
Rousseau, Nathalie [Auteur]
Rouquette, Isabelle [Auteur]
Service Anatomie et cytologie pathologiques [CHU Toulouse]
Sagan, Christine [Auteur]
Scherpereel, Arnaud [Auteur]
Thérapies Assistées par Lasers et Immunothérapies pour l'Oncologie - U 1189 [OncoThAI]
Thivolet, Francoise [Auteur]
Vignaud, Jean-Michel [Auteur]
Centre de Ressources Biologiques - [Nancy] [CRB Nancy]
Jean, Didier [Auteur]
Centre de Recherche des Cordeliers [CRC (UMR_S_1138 / U1138)]
Ilg, Anabelle Gilg Soit [Auteur]
Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France]
Olaso, Robert [Auteur]
Centre National de Recherche en Génomique Humaine [CNRGH]
Meyer, Vincent [Auteur]
Centre National de Recherche en Génomique Humaine [CNRGH]
Boland-Auge, Anne [Auteur]
Centre National de Recherche en Génomique Humaine [CNRGH]
Deleuze, Jean-Francois [Auteur]
Centre National de Recherche en Génomique Humaine [CNRGH]
Altmuller, Janine [Auteur]
Cologne Center for Genomics [Cologne] [CCG]
Nuernberg, Peter [Auteur]
Cologne Center for Genomics [Cologne] [CCG]
Ibáñez-Costa, Alejandro [Auteur]
Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba]
Instituto Maimonides de Investigación Biomédica de Cordoba [IMIBIC]
Castaño, Justo [Auteur]
Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba]
Instituto Maimonides de Investigación Biomédica de Cordoba [IMIBIC]
Lantuejoul, Sylvie [Auteur]
Plateforme anatomopathologie recherche Lyon-Est
Université Grenoble Alpes [UGA]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Ghantous, Akram [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Maussion, Charles [Auteur]
Owkin, Inc. [New York, NY, États-Unis]
Courtiol, Pierre [Auteur]
Owkin, Inc. [New York, NY, États-Unis]
Hernandez-Vargas, Hector [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Caux, Christophe [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Girard, Nicolas [Auteur]
Université Paris-Saclay
Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines [UVSQ]
Institut Mutualiste de Montsouris [IMM]
Institut Curie [Paris]
Lopez-Bigas, Nuria [Auteur]
Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats = Catalan Institution for Research and Advanced Studies [ICREA]
Instituto de Salud Carlos III [Madrid] [ISCIII]
Barcelona Institute of Science and Technology [BIST]
Alexandrov, Ludmil [Auteur]
University of California [San Diego] [UC San Diego]
Galateau-Salle, Françoise [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Foll, Matthieu [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Fernandez-Cuesta, Lynnette [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Stanford University
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Alcala, Nicolas [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Sexton-Oates, Alexandra [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Di Genova, Alex [Auteur]
Centre de modélisation mathématique / Centro de Modelamiento Matemático [Santiago] [CMM]
Universidad de O'Higgins [UOH]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Gonzalez-Perez, Abel [Auteur]
Instituto de Salud Carlos III [Madrid] [ISCIII]
Barcelona Institute of Science and Technology [BIST]
Khandekar, Azhar [Auteur]
University of California [San Diego] [UC San Diego]
Bergstrom, Erik [Auteur]
University of California [San Diego] [UC San Diego]
Kim, Jaehee [Auteur]
Cornell University [New York]
Stanford University
Liu, Xiran [Auteur]
Stanford University
Blazquez-Encinas, Ricardo [Auteur]
Hospital Universitario Reina Sofía de Córdoba
Instituto Maimonides de Investigación Biomédica de Cordoba [IMIBIC]
Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba]
Giacobi, Colin [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Le Stang, Nolwenn [Auteur]
Centre Léon Bérard [Lyon]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Boyault, Sandrine [Auteur]
Centre Léon Bérard [Lyon]
Cuenin, Cyrille [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Tabone-Eglinger, Severine [Auteur]
Centre Léon Bérard [Lyon]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Damiola, Francesca [Auteur]
Centre Léon Bérard [Lyon]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Voegele, Catherine [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Ardin, Maude [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Michallet, Marie-Cécile [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Soudade, Lorraine [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Delhomme, Tiffany [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Poret, Arnaud [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Brevet, Marie [Auteur]
Cypath and Cypath-rb [Villeurbanne] [2C]
Copin, Marie-Christine [Auteur]
Tumorothèque du Centre de Référence Régional en Cancérologie [CHRU Lille] [T-C2RC]
Giusiano-Courcambeck, Sophie [Auteur]
Hôpital Nord [CHU - APHM]
Damotte, Diane [Auteur]
Centre de Recherche des Cordeliers [CRC (UMR_S_1138 / U1138)]
Girard, Cecile [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital [CHU Nantes]
Hofman, Veronique [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nice [CHU Nice]
Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement [IRCAN]
Université Côte d'Azur [UniCA]
FHU OncoAge - Pathologies liées à l’âge [CHU Nice] [OncoAge]
Hofman, Paul [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nice [CHU Nice]
Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement [IRCAN]
Université Côte d'Azur [UniCA]
FHU OncoAge - Pathologies liées à l’âge [CHU Nice] [OncoAge]
Mouroux, Jérôme [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nice [CHU Nice]
Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement [IRCAN]
Université Côte d'Azur [UniCA]
FHU OncoAge - Pathologies liées à l’âge [CHU Nice] [OncoAge]
Cohen, Charlotte [Auteur]
Hôpital Pasteur [Nice] [CHU]
FHU OncoAge - Pathologies liées à l’âge [CHU Nice] [OncoAge]
Lacomme, Stephanie [Auteur]
Centre de Ressources Biologiques - [Nancy] [CRB Nancy]
Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux [NGERE]
Mazieres, Julien [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse [CHU Toulouse]
Université Toulouse III - Paul Sabatier [UT3]
de Montpreville, Vincent Thomas [Auteur]
Hôpital Marie-Lannelongue
Perrin, Corinne [Auteur]
Planchard, Gaetane [Auteur]
Rousseau, Nathalie [Auteur]
Rouquette, Isabelle [Auteur]
Service Anatomie et cytologie pathologiques [CHU Toulouse]
Sagan, Christine [Auteur]
Scherpereel, Arnaud [Auteur]
Thérapies Assistées par Lasers et Immunothérapies pour l'Oncologie - U 1189 [OncoThAI]
Thivolet, Francoise [Auteur]
Vignaud, Jean-Michel [Auteur]
Centre de Ressources Biologiques - [Nancy] [CRB Nancy]
Jean, Didier [Auteur]
Centre de Recherche des Cordeliers [CRC (UMR_S_1138 / U1138)]
Ilg, Anabelle Gilg Soit [Auteur]
Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France]
Olaso, Robert [Auteur]
Centre National de Recherche en Génomique Humaine [CNRGH]
Meyer, Vincent [Auteur]
Centre National de Recherche en Génomique Humaine [CNRGH]
Boland-Auge, Anne [Auteur]
Centre National de Recherche en Génomique Humaine [CNRGH]
Deleuze, Jean-Francois [Auteur]
Centre National de Recherche en Génomique Humaine [CNRGH]
Altmuller, Janine [Auteur]
Cologne Center for Genomics [Cologne] [CCG]
Nuernberg, Peter [Auteur]
Cologne Center for Genomics [Cologne] [CCG]
Ibáñez-Costa, Alejandro [Auteur]
Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba]
Instituto Maimonides de Investigación Biomédica de Cordoba [IMIBIC]
Castaño, Justo [Auteur]
Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba]
Instituto Maimonides de Investigación Biomédica de Cordoba [IMIBIC]
Lantuejoul, Sylvie [Auteur]
Plateforme anatomopathologie recherche Lyon-Est
Université Grenoble Alpes [UGA]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Ghantous, Akram [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Maussion, Charles [Auteur]
Owkin, Inc. [New York, NY, États-Unis]
Courtiol, Pierre [Auteur]
Owkin, Inc. [New York, NY, États-Unis]
Hernandez-Vargas, Hector [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Caux, Christophe [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Girard, Nicolas [Auteur]
Université Paris-Saclay
Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines [UVSQ]
Institut Mutualiste de Montsouris [IMM]
Institut Curie [Paris]
Lopez-Bigas, Nuria [Auteur]
Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats = Catalan Institution for Research and Advanced Studies [ICREA]
Instituto de Salud Carlos III [Madrid] [ISCIII]
Barcelona Institute of Science and Technology [BIST]
Alexandrov, Ludmil [Auteur]
University of California [San Diego] [UC San Diego]
Galateau-Salle, Françoise [Auteur]
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon [UNICANCER/CRCL]
Foll, Matthieu [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Fernandez-Cuesta, Lynnette [Auteur]
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer [CIRC - IARC]
Journal title :
Nature Genetics
Pages :
607-618
Publisher :
Nature Publishing Group
Publication date :
2023-03-16
ISSN :
1061-4036
HAL domain(s) :
Sciences du Vivant [q-bio]
English abstract : [en]
Abstract Malignant pleural mesothelioma (MPM) is an aggressive cancer with rising incidence and challenging clinical management. Through a large series of whole-genome sequencing data, integrated with transcriptomic and ...
Show more >Abstract Malignant pleural mesothelioma (MPM) is an aggressive cancer with rising incidence and challenging clinical management. Through a large series of whole-genome sequencing data, integrated with transcriptomic and epigenomic data using multiomics factor analysis, we demonstrate that the current World Health Organization classification only accounts for up to 10% of interpatient molecular differences. Instead, the MESOMICS project paves the way for a morphomolecular classification of MPM based on four dimensions: ploidy, tumor cell morphology, adaptive immune response and CpG island methylator profile. We show that these four dimensions are complementary, capture major interpatient molecular differences and are delimited by extreme phenotypes that—in the case of the interdependent tumor cell morphology and adapted immune response—reflect tumor specialization. These findings unearth the interplay between MPM functional biology and its genomic history, and provide insights into the variations observed in the clinical behavior of patients with MPM.Show less >
Show more >Abstract Malignant pleural mesothelioma (MPM) is an aggressive cancer with rising incidence and challenging clinical management. Through a large series of whole-genome sequencing data, integrated with transcriptomic and epigenomic data using multiomics factor analysis, we demonstrate that the current World Health Organization classification only accounts for up to 10% of interpatient molecular differences. Instead, the MESOMICS project paves the way for a morphomolecular classification of MPM based on four dimensions: ploidy, tumor cell morphology, adaptive immune response and CpG island methylator profile. We show that these four dimensions are complementary, capture major interpatient molecular differences and are delimited by extreme phenotypes that—in the case of the interdependent tumor cell morphology and adapted immune response—reflect tumor specialization. These findings unearth the interplay between MPM functional biology and its genomic history, and provide insights into the variations observed in the clinical behavior of patients with MPM.Show less >
Language :
Anglais
Peer reviewed article :
Oui
Audience :
Internationale
Popular science :
Non
Source :
Files
- document
- Open access
- Access the document
- s41588-023-01321-1.pdf
- Open access
- Access the document
- Open access
- Access the document
- document
- Open access
- Access the document
- s41588-023-01321-1.pdf
- Open access
- Access the document
- document
- Open access
- Access the document
- s41588-023-01321-1.pdf
- Open access
- Access the document