Dynamic hydroxymethylation of deoxyribonucleic ...
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Compte-rendu et recension critique d'ouvrage
DOI :
PMID :
Titre :
Dynamic hydroxymethylation of deoxyribonucleic acid marks differentiation-associated enhancers.
Auteur(s) :
Sérandour, Aurélien [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Avner, Stéphane [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Oger, Frédérik [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Bizot, Maud [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Percevault, Frédéric [Auteur]
Institut de recherche en santé, environnement et travail [Irset]
Lucchetti-Miganeh, Céline [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Palierne, Gaëlle [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Gheeraert, Céline [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Barloy-Hubler, Frédérique [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Péron, Christine Le [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Madigou, Thierry [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Durand, Emmanuelle [Auteur]
Metabolic functional (epi)genomics and molecular mechanisms involved in type 2 diabetes and related diseases - UMR 8199 - UMR 1283 [EGENODIA (GI3M)]
Froguel, Philippe [Auteur]
Metabolic functional (epi)genomics and molecular mechanisms involved in type 2 diabetes and related diseases - UMR 8199 - UMR 1283 [EGENODIA (GI3M)]
Staels, Bart [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Lefebvre, Philippe [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Métivier, Raphaël [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Eeckhoute, Jérôme [Auteur correspondant]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Salbert, Gilles [Auteur correspondant]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Avner, Stéphane [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Oger, Frédérik [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Bizot, Maud [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Percevault, Frédéric [Auteur]
Institut de recherche en santé, environnement et travail [Irset]
Lucchetti-Miganeh, Céline [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Palierne, Gaëlle [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Gheeraert, Céline [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Barloy-Hubler, Frédérique [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Péron, Christine Le [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Madigou, Thierry [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Durand, Emmanuelle [Auteur]
Metabolic functional (epi)genomics and molecular mechanisms involved in type 2 diabetes and related diseases - UMR 8199 - UMR 1283 [EGENODIA (GI3M)]
Froguel, Philippe [Auteur]
Metabolic functional (epi)genomics and molecular mechanisms involved in type 2 diabetes and related diseases - UMR 8199 - UMR 1283 [EGENODIA (GI3M)]
Staels, Bart [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Lefebvre, Philippe [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Métivier, Raphaël [Auteur]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Eeckhoute, Jérôme [Auteur correspondant]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Salbert, Gilles [Auteur correspondant]
Institut de Génétique et Développement de Rennes [IGDR]
Titre de la revue :
Nucleic Acids Research
Pagination :
8255-65
Éditeur :
Oxford University Press
Date de publication :
2012-09-01
ISSN :
0305-1048
Discipline(s) HAL :
Sciences du Vivant [q-bio]/Biochimie, Biologie Moléculaire
Résumé en anglais : [en]
Enhancers are developmentally controlled transcriptional regulatory regions whose activities are modulated through histone modifications or histone variant deposition. In this study, we show by genome-wide mapping that the ...
Lire la suite >Enhancers are developmentally controlled transcriptional regulatory regions whose activities are modulated through histone modifications or histone variant deposition. In this study, we show by genome-wide mapping that the newly discovered deoxyribonucleic acid (DNA) modification 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) is dynamically associated with transcription factor binding to distal regulatory sites during neural differentiation of mouse P19 cells and during adipocyte differentiation of mouse 3T3-L1 cells. Functional annotation reveals that regions gaining 5hmC are associated with genes expressed either in neural tissues when P19 cells undergo neural differentiation or in adipose tissue when 3T3-L1 cells undergo adipocyte differentiation. Furthermore, distal regions gaining 5hmC together with H3K4me2 and H3K27ac in P19 cells behave as differentiation-dependent transcriptional enhancers. Identified regions are enriched in motifs for transcription factors regulating specific cell fates such as Meis1 in P19 cells and PPARγ in 3T3-L1 cells. Accordingly, a fraction of hydroxymethylated Meis1 sites were associated with a dynamic engagement of the 5-methylcytosine hydroxylase Tet1. In addition, kinetic studies of cytosine hydroxymethylation of selected enhancers indicated that DNA hydroxymethylation is an early event of enhancer activation. Hence, acquisition of 5hmC in cell-specific distal regulatory regions may represent a major event of enhancer progression toward an active state and participate in selective activation of tissue-specific genes.Lire moins >
Lire la suite >Enhancers are developmentally controlled transcriptional regulatory regions whose activities are modulated through histone modifications or histone variant deposition. In this study, we show by genome-wide mapping that the newly discovered deoxyribonucleic acid (DNA) modification 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) is dynamically associated with transcription factor binding to distal regulatory sites during neural differentiation of mouse P19 cells and during adipocyte differentiation of mouse 3T3-L1 cells. Functional annotation reveals that regions gaining 5hmC are associated with genes expressed either in neural tissues when P19 cells undergo neural differentiation or in adipose tissue when 3T3-L1 cells undergo adipocyte differentiation. Furthermore, distal regions gaining 5hmC together with H3K4me2 and H3K27ac in P19 cells behave as differentiation-dependent transcriptional enhancers. Identified regions are enriched in motifs for transcription factors regulating specific cell fates such as Meis1 in P19 cells and PPARγ in 3T3-L1 cells. Accordingly, a fraction of hydroxymethylated Meis1 sites were associated with a dynamic engagement of the 5-methylcytosine hydroxylase Tet1. In addition, kinetic studies of cytosine hydroxymethylation of selected enhancers indicated that DNA hydroxymethylation is an early event of enhancer activation. Hence, acquisition of 5hmC in cell-specific distal regulatory regions may represent a major event of enhancer progression toward an active state and participate in selective activation of tissue-specific genes.Lire moins >
Langue :
Anglais
Vulgarisation :
Non
Source :
Fichiers
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