Title :

The logic of transcriptional regulator recruitment architecture at cis-regulatory modules controlling liver functions

Author(s) :

Dubois, Julie [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Récepteurs Nucléaires, Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires - U 1011 [RNMCD]
Dubois, Vanessa [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Dehondt, Hélène [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Mazrooei, Parisa [Auteur]
Department of Medical Biophysics [MBP]
Mazuy, Claire [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Sérandour, Aurélien [Auteur]
University of Cambridge [UK] [CAM]
Gheeraert, Céline [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Guillaume, Penderia [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Baugé, Eric [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Derudas, Bruno [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Hennuyer, Nathalie [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Lestrelin, Réjane [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Briend, Guillemette [Auteur]
MOdel for Data Analysis and Learning [MODAL]
Carroll, Jason [Auteur]
University of Cambridge [UK] [CAM]
Lupien, Mathieu [Auteur]
Department of Medical Biophysics [MBP]
Staels, Bart [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Lefebvre, Philippe [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Eeckhoute, Jerome [Auteur]
Université de Lille, Droit et Santé
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]

Journal title :

Genome Research
Genome Research

Pages :

985-996

Publisher :

Cold Spring Harbor Laboratory Press

Publication date :

2017-06-01

ISSN :

1088-9051

English keyword(s) :

Algorithms
Cytoplasmic and Nuclear/deficiency
Receptors
Gene Expression Profiling
Gene Expression Regulation
Genome
Animals
Genomics/methods
Liver/metabolism
Mice
Knockout
PPAR alpha/deficiency
PPAR alpha/genetics
Transcription
Genetic
Regulatory Elements
Transcriptional
Cytoplasmic and Nuclear/genetics

HAL domain(s) :

Sciences du Vivant [q-bio]
Statistiques [stat]/Machine Learning [stat.ML]
Statistiques [stat]/Méthodologie [stat.ME]
Sciences du Vivant [q-bio]/Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]

English abstract : [en]

Control of gene transcription relies on concomitant regulation by multiple transcriptional regulators (TRs). However, how recruitment of a myriad of TRs is orchestrated at cis-regulatory modules (CRMs) to account for ...
Show more >Control of gene transcription relies on concomitant regulation by multiple transcriptional regulators (TRs). However, how recruitment of a myriad of TRs is orchestrated at cis-regulatory modules (CRMs) to account for coregulation of specific biological pathways is only partially understood. Here, we have used mouse liver CRMs involved in regulatory activities of the hepatic TR, NR1H4 (FXR; farnesoid X receptor), as our model system to tackle this question. Using integrative cistromic, epigenomic, transcriptomic, and interactomic analyses, we reveal a logical organization where trans-regulatory modules (TRMs), which consist of subsets of preferentially and coordinately corecruited TRs, assemble into hierarchical combinations at hepatic CRMs. Different combinations of TRMs add to a core TRM, broadly found across the whole landscape of CRMs, to discriminate promoters from enhancers. These combinations also specify distinct sets of CRM differentially organized along the genome and involved in regulation of either housekeeping/cellular maintenance genes or liver-specific functions. In addition to these TRMs which we define as obligatory, we show that facultative TRMs, such as one comprising core circadian TRs, are further recruited to selective subsets of CRMs to modulate their activities. TRMs transcend TR classification into ubiquitous versus liver-identity factors, as well as TR grouping into functional families. Hence, hierarchical superimpositions of obligatory and facultative TRMs bring about independent transcriptional regulatory inputs defining different sets of CRMs with logical connection to regulation of specific gene sets and biological pathways. Altogether, our study reveals novel principles of concerted transcriptional regulation by multiple TRs at CRMs.Show less >

Language :

Anglais

Popular science :

Non

ANR Project :

EGID Diabetes Pole

Collections :

• Laboratoire Paul Painlevé - UMR 8524

Source :

Harvested from HAL