Title :

Transipedia.org: k-mer-based exploration of large RNA sequencing datasets and application to cancer data

Author(s) :

Bessière, Chloé [Auteur]
Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse [CRCT]
Xue, Haoliang [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
Guibert, Benoit [Auteur]
Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
Boureux, Anthony [Auteur]
Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
Rufflé, Florence [Auteur]
Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
Viot, Julien [Auteur]
Service d'Oncologie Médicale [CHRU Besançon]
Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) [RIGHT]
Chikhi, Rayan [Auteur]
Institut Pasteur [Paris] [IP]
Salson, Mikaël [Auteur]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Marchet, Camille [Auteur]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Commes, Thérèse [Auteur correspondant]
Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
Gautheret, Daniel [Auteur correspondant]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]

Journal title :

Genome Biology

Pages :

266

Publisher :

BioMed Central

Publication date :

2024-10-10

ISSN :

1465-6906

English keyword(s) :

RNA-seq
Transcriptomics
Bioinformatics
RNA-processing
Non-coding RNA †

HAL domain(s) :

Informatique [cs]/Bio-informatique [q-bio.QM]

English abstract : [en]

Indexing techniques relying on k-mers have proven effective in searching for RNA sequences across thousands of RNA-seq libraries, but without enabling direct RNA quantification. We show here that arbitrary RNA sequences ...
Show more >Indexing techniques relying on k-mers have proven effective in searching for RNA sequences across thousands of RNA-seq libraries, but without enabling direct RNA quantification. We show here that arbitrary RNA sequences can be quantified in seconds through their decomposition into k-mers, with a precision akin to that of conventional RNA quantification methods. Using an index of the Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) collection consisting of 1019 RNA-seq samples, we show that k-mer indexing offers a powerful means to reveal non-reference sequences, and variant RNAs induced by specific gene alterations, for instance in splicing factors.Show less >

Language :

Anglais

Popular science :

Non

ANR Project :

Signatures transcriptionnelles pour une analyse RNA-seq globale
Fouille non biaisée dans les banques de données RNA-seq massives
Moteur de recherche de donne´es de se´quenc¸age en ge´nomique environnementale
Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs
PaRis Artificial Intelligence Research InstitutE
Institut des maladies auto-immunes et des immunothérapies innovantes

Collections :

• Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189

Source :

Harvested from HAL