Title :

KaMRAT: a C++ toolkit for k-mer count matrix dimension reduction

Author(s) :

Xue, Haoliang [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
Gallopin, Mélina [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
Marchet, Camille [Auteur]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Nguyen, Ha [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
Wang, Yunfeng [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
Lainé, Antoine [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
Bessiere, Chloé [Auteur]
Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
Gautheret, Daniel [Auteur]
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]

Journal title :

Bioinformatics

Pages :

btae090

Publisher :

Oxford University Press (OUP)

Publication date :

2024-11-04

ISSN :

1367-4803

HAL domain(s) :

Informatique [cs]
Informatique [cs]/Bio-informatique [q-bio.QM]

English abstract : [en]

Motivation: KaMRaT is designed for processing large k-mer count tables derived from multi-sample, RNA-seq data. Its primary objective is to identify condition-specific or differentially expressed sequences, regardless of ...
Show more >Motivation: KaMRaT is designed for processing large k-mer count tables derived from multi-sample, RNA-seq data. Its primary objective is to identify condition-specific or differentially expressed sequences, regardless of gene or transcript annotation. Results: KaMRaT is implemented in Cþþ. Major functions include scoring k-mers based on count statistics, merging overlapping k-mers into contigs and selecting k-mers based on their occurrence across specific samples.Show less >

Language :

Anglais

Popular science :

Non

ANR Project :

ARN Régulateurs et Résistance aux Antibiotiques
Fouille non biaisée dans les banques de données RNA-seq massives

Collections :

• Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189

Source :

Harvested from HAL