Titre :

The logic of transcriptional regulator recruitment architecture at cis-regulatory modules controlling liver functions

Auteur(s) :

Dubois-Chevalier, Julie [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Dubois, Vanessa [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Dehondt, Helene [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Mazrooei, Parisa [Auteur]
Department of Medical Biophysics [MBP]
Mazuy, Claire [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Serandour, Aurelien A. [Auteur]
University of Cambridge [UK] [CAM]
Gheeraert, Celine [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Penderia, Guillaume [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Bauge, Eric [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Derudas, Bruno [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Hennuyer, Nathalie [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Lestrelin, Réjane [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Marot, Guillemette [Auteur]
Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694 [METRICS]
Carroll, Jason S. [Auteur]
University of Cambridge [UK] [CAM]
Lupien, Mathieu [Auteur]
Department of Medical Biophysics [MBP]
Staels, Bart [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Lefebvre, Philippe [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]
Eeckhoute, Jerome [Auteur]
Récepteurs nucléaires, maladies cardiovasculaires et diabète - U 1011 [RNMCD]

Titre de la revue :

Genome research

Nom court de la revue :

Genome Res.

Numéro :

27

Pagination :

985-996

Date de publication :

2017-06-01

ISSN :

1088-9051

Mot(s)-clé(s) en anglais :

Mesh:Receptors
Mesh:Cytoplasmic and Nuclear/deficiency
Mesh:Algorithms
Mesh:Gene Expression Profiling
Mesh:Gene Expression Regulation
Mesh:Genome*
Mesh:Animals
Mesh:Genomics/methods
Mesh:Liver/metabolism*
Mesh:Mice
Mesh:Mice
Mesh:Knockout
Mesh:PPAR alpha/deficiency
Mesh:PPAR alpha/genetics
Mesh:Transcription
Mesh:Genetic*
Mesh:Regulatory Elements
Mesh:Transcriptional*
Mesh:Receptors
Mesh:Cytoplasmic and Nuclear/genetics

Discipline(s) HAL :

Sciences du Vivant [q-bio]

Résumé en anglais : [en]

Control of gene transcription relies on concomitant regulation by multiple transcriptional regulators (TRs). However, how recruitment of a myriad of TRs is orchestrated at cis-regulatory modules (CRMs) to account for ...
Lire la suite >Control of gene transcription relies on concomitant regulation by multiple transcriptional regulators (TRs). However, how recruitment of a myriad of TRs is orchestrated at cis-regulatory modules (CRMs) to account for coregulation of specific biological pathways is only partially understood. Here, we have used mouse liver CRMs involved in regulatory activities of the hepatic TR, NR1H4 (FXR; farnesoid X receptor), as our model system to tackle this question. Using integrative cistromic, epigenomic, transcriptomic, and interactomic analyses, we reveal a logical organization where trans-regulatory modules (TRMs), which consist of subsets of preferentially and coordinately corecruited TRs, assemble into hierarchical combinations at hepatic CRMs. Different combinations of TRMs add to a core TRM, broadly found across the whole landscape of CRMs, to discriminate promoters from enhancers. These combinations also specify distinct sets of CRM differentially organized along the genome and involved in regulation of either housekeeping/cellular maintenance genes or liver-specific functions. In addition to these TRMs which we define as obligatory, we show that facultative TRMs, such as one comprising core circadian TRs, are further recruited to selective subsets of CRMs to modulate their activities. TRMs transcend TR classification into ubiquitous versus liver-identity factors, as well as TR grouping into functional families. Hence, hierarchical superimpositions of obligatory and facultative TRMs bring about independent transcriptional regulatory inputs defining different sets of CRMs with logical connection to regulation of specific gene sets and biological pathways. Altogether, our study reveals novel principles of concerted transcriptional regulation by multiple TRs at CRMs.Lire moins >

Langue :

Anglais

Audience :

Internationale

Vulgarisation :

Non

Établissement(s) :

CHU Lille
INSERM
Inserm
Institut Pasteur de Lille
Université de Lille

Collections :

• METRICS : Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694
• Récepteurs nucléaires, Maladies Cardiovasculaires et Diabète (RNMCD) - U1011

Date de dépôt :

2019-12-09T16:54:52Z
2020-05-25T07:19:41Z