Titre :

Chromosome-scale assemblies of plant genomes using nanopore long reads and optical maps

Auteur(s) :

Belser, Caroline []
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
Istace, Benjamin []
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
Denis, Erwan []
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
Dubarry, Marion []
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
Baurens, Franc-Christophe [Auteur]
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales [UMR AGAP]
Falentin, Cyril [Auteur]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Genete (Admin), Mathieu [Auteur]
Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 [Evo-Eco-Paléo (EEP)]
Berrabah, Wahiba [Auteur]
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
Chèvre, Anne-Marie [Auteur]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Delourme, Régine [Auteur]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Deniot, Gwenaëlle [Auteur]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Denoeud, France [Auteur]
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
Duffe, Philippe [Auteur]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Engelen, Stefan [Auteur]
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
Lemainque, Arnaud [Auteur]
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
Manzanares-Dauleux, Maria [Auteur]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Martin, Guillaume [Auteur]
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales [UMR AGAP]
Morice, Jérôme [Auteur]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Noel, Benjamin [Auteur]
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
Vekemans, Xavier [Auteur]
Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo-Eco-Paleo) - UMR 8198 [Evo-Eco-Paléo (EEP)]
D’hont, Angelique [Auteur]
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales [UMR AGAP]
Rousseau-Gueutin, Mathieu [Auteur]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Barbe, Valérie [Auteur]
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
Cruaud, Corinne [Auteur]
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
Wincker, Patrick [Auteur]
Génomique métabolique [UMR 8030]
Aury, Jean-Marc [Auteur correspondant]
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]

Titre de la revue :

Nature Plants

Pagination :

879-887

Éditeur :

Nature Publishing Group

Date de publication :

2018-11

ISSN :

2055-026X

Discipline(s) HAL :

Sciences du Vivant [q-bio]/Génétique/Génétique des populations [q-bio.PE]

Résumé en anglais : [en]

Plant genomes are often characterized by a high level of repetitiveness and polyploid nature. Consequently, creating genome assemblies for plant genomes is challenging. The introduction of short-read technologies 10 years ...
Lire la suite >Plant genomes are often characterized by a high level of repetitiveness and polyploid nature. Consequently, creating genome assemblies for plant genomes is challenging. The introduction of short-read technologies 10 years ago substantially increased the number of available plant genomes. Generally, these assemblies are incomplete and fragmented, and only a few are at the chromosome scale. Recently, Pacific Biosciences and Oxford Nanopore sequencing technologies were commercialized that can sequence long DNA fragments (kilobases to megabase) and, using efficient algorithms, provide high-quality assemblies in terms of contiguity and completeness of repetitive regions 1-4. However, even though genome assemblies based on long reads exhibit high contig N5Os (>1Mb), these methods are still insufficient to decipher genome organization at the chromosome level. Here, we describe a strategy based on long reads (MinION or PromethiON sequencers) and optical maps (Saphyr system) that can produce chromosome-level assemblies and demonstrate applicability by generating high-quality genome sequences for two new dicotyledon morphotypes, Brassica rapa Z1 (yellow sarson) and Brassica oleracea HDEM (broccoli), and one new monocotyledon, Musa schizocarpa (banana). All three assemblies show contig N5Os of >5 Mb and contain scaffolds that represent entire chromosomes or chromosome arms.Lire moins >

Langue :

Anglais

Comité de lecture :

Oui

Audience :

Internationale

Vulgarisation :

Non

Projet ANR :

Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique

Collections :

• Évolution, Écologie et Paléontologie (Evo Eco Paleo) - UMR 8198

Source :

Harvested from HAL