Title :

A tunable filter for high molecular weight DNA selection and linked-read sequencing

Author(s) :

Milon, Nicolas [Auteur]
Équipe Micro-Nanofluidique pour les sciences de la vie et de l’environnement [LAAS-MILE]
Fuentes Rojas, Juan-Luis [Auteur]
Équipe Micro-Nanofluidique pour les sciences de la vie et de l’environnement [LAAS-MILE]
Castinel, Adrien [Auteur]
Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]
Bigot, Laurent [Auteur]
Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 [PhLAM]
Bouwmans, Géraud [Auteur]
Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 [PhLAM]
Baudelle, Karen [Auteur]
Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules - UMR 8523 [PhLAM]
Boutonnet, Audrey [Auteur]
Gibert, Audrey [Auteur]
Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]
Bouchez, Olivier [Auteur]
Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]
Donnadieu, Cécile [Auteur]
Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]
Ginot, Frédéric [Auteur]
Bancaud, Aurélien [Auteur]
Équipe Micro-Nanofluidique pour les sciences de la vie et de l’environnement [LAAS-MILE]

Journal title :

Lab on a Chip

Pages :

175-184

Publisher :

Royal Society of Chemistry

Publication date :

2020

ISSN :

1473-0197

HAL domain(s) :

Sciences de l'ingénieur [physics]/Optique / photonique
Sciences de l'ingénieur [physics]/Matériaux
Physique [physics]/Matière Condensée [cond-mat]

English abstract : [en]

In third generation sequencing, the production of quality data requires the selection of molecules longer than ∼20 kbp, but the size selection threshold of most purification technologies is smaller than this target. Here, ...
Show more >In third generation sequencing, the production of quality data requires the selection of molecules longer than ∼20 kbp, but the size selection threshold of most purification technologies is smaller than this target. Here, we describe a technology operated in a capillary with a tunable selection threshold in the range of 3 to 40 kbp controlled by an electric field. We demonstrate that the selection cut-off is sharp, the purification yield is high, and the purification throughput is scalable. We also provide an analytical model that the actuation settings of the filter. The selection of high molecular weight genomic DNA from the melon Cucumis melo L., a diploid organism of ∼0.45 Gbp, is then reported. Linked-read sequencing data show that the N50 phase block size, which scores the correct representation of two chromosomes, is enhanced by a factor of 2 after size selection, establishing the relevance and versatility of our technology.Show less >

Language :

Anglais

Peer reviewed article :

Oui

Audience :

Internationale

Popular science :

Non

ANR Project :

µ-Laboratoire d'Analyse et de Séparation des chromosomes : développement d'un outil pour le typage rapide des bactéries, levures et cellules de mammifères
Dispositif de détection biologique ultrasensible de pathogènes prélevés par air pulsé.

Collections :

• Laboratoire de Physique des Lasers, Atomes et Molécules (PhLAM) - UMR 8523

Source :

Harvested from HAL