Title :

Modeling SARS-CoV-2 viral kinetics and association with mortality in hospitalized patients from the French COVID cohort

Author(s) :

Néant, Nadège [Auteur correspondant]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Lingas, Guillaume [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Le Hingrat, Quentin [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Ghosn, Jade [Auteur]
Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat]
Engelmann, Ilka [Auteur]
Institut de Microbiologie [CHRU Lille]
Lepiller, Quentin [Auteur]
Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) [CEF2P / CARCINO]
Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon [CHRU Besançon]
Gaymard, Alexandre [Auteur]
Hospices Civils de Lyon [HCL]
Ferré, Virginie [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital [CHU Nantes]
Hartard, Cédric [Auteur]
Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement [LCPME]
Plantier, Jean-Christophe [Auteur]
Laboratoire de virologie [Rouen]
Thibault, V. [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Ponchaillou]
Marlet, Julien [Auteur]
Morphogénèse et antigénicité du VIH, des Virus des Hépatites et Emergents [MAVIVHe]
Montes, Brigitte [Auteur]
Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] [CHRU Montpellier]
Bouiller, Kevin [Auteur]
Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) [LCE]
Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon [CHRU Besançon]
Lescure, François-Xavier [Auteur]
Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat]
Timsit, Jean-François [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Service d'anesthésie - réanimation chirurgicale [CHU Bichat]
Faure, Emmanuel [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Poissy, Julien [Auteur]
Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 [UGSF]
Chidiac, Christian [Auteur]
Raffi, François [Auteur]
Centre d’Investigation Clinique de Nantes [CIC Nantes]
Kimmoun, Antoine [Auteur]
Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique [DCAC]
Cardiovascular and Renal Clinical Trialists [Vandoeuvre-les-Nancy] [INI-CRCT]
French-Clinical Research Infrastructure Network - F-CRIN [Paris] [Cardiovascular & Renal Clinical Trialists - CRCT ]
Service de Réanimation Médicale [CHRU Nancy]
Etienne, Manuel [Auteur]
Richard, Jean-Christophe [Auteur]
Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé [CREATIS]
Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis [MYRIAD]
Tattevin, Pierre [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Ponchaillou]
ARN régulateurs bactériens et médecine [BRM]
Garot, Denis [Auteur]
Le Moing, Vincent [Auteur]
Département Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Universitaire, Montpellier, France
Bachelet, Delphine [Auteur]
Tardivon, Coralie [Auteur]
Duval, Xavier [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique [CIC 1425]
Yazdanpanah, Yazdan [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Mentré, France [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Laouénan, Cédric [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Visseaux, Benoit [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Guedj, Jérémie [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]

Journal title :

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Pages :

e2017962118

Publisher :

National Academy of Sciences

Publication date :

2021-02-03

ISSN :

0027-8424

English keyword(s) :

SARS-CoV-2
mortality
viral dynamics

HAL domain(s) :

Sciences du Vivant [q-bio]/Médecine humaine et pathologie
Sciences du Vivant [q-bio]/Microbiologie et Parasitologie

English abstract : [en]

The characterization of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viral kinetics in hospitalized patients and its association with mortality is unknown. We analyzed death and nasopharyngeal viral kinetics ...
Show more >The characterization of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viral kinetics in hospitalized patients and its association with mortality is unknown. We analyzed death and nasopharyngeal viral kinetics in 655 hospitalized patients from the prospective French COVID cohort. The model predicted a median peak viral load that coincided with symptom onset. Patients with age ≥65 y had a smaller loss rate of infected cells, leading to a delayed median time to viral clearance occurring 16 d after symptom onset as compared to 13 d in younger patients ( P < 10 −4 ). In multivariate analysis, the risk factors associated with mortality were age ≥65 y, male gender, and presence of chronic pulmonary disease (hazard ratio [HR] > 2.0). Using a joint model, viral dynamics after hospital admission was an independent predictor of mortality (HR = 1.31, P < 10 −3 ). Finally, we used our model to simulate the effects of effective pharmacological interventions on time to viral clearance and mortality. A treatment able to reduce viral production by 90% upon hospital admission would shorten the time to viral clearance by 2.0 and 2.9 d in patients of age <65 y and ≥65 y, respectively. Assuming that the association between viral dynamics and mortality would remain similar to that observed in our population, this could translate into a reduction of mortality from 19 to 14% in patients of age ≥65 y with risk factors. Our results show that viral dynamics is associated with mortality in hospitalized patients. Strategies aiming to reduce viral load could have an effect on mortality rate in this population.Show less >

Language :

Anglais

Popular science :

Non

ANR Project :

Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales

Collections :

• Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 9017

Source :

Harvested from HAL