Titre :

Modeling SARS-CoV-2 viral kinetics and association with mortality in hospitalized patients from the French COVID cohort

Auteur(s) :

Néant, Nadège [Auteur correspondant]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Lingas, Guillaume [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Le Hingrat, Quentin [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Ghosn, Jade [Auteur]
Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat]
Engelmann, Ilka [Auteur]
Institut de Microbiologie [CHRU Lille]
Lepiller, Quentin [Auteur]
Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon [CHRU Besançon]
Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (UR 3181) [CEF2P / CARCINO]
Gaymard, Alexandre [Auteur]
Hospices Civils de Lyon [HCL]
Ferré, Virginie [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital [CHU Nantes]
Hartard, Cédric [Auteur]
Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement [LCPME]
Plantier, Jean-Christophe [Auteur]
Laboratoire de virologie [Rouen]
Thibault, V. [Auteur]
Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou]
Marlet, Julien [Auteur]
Morphogénèse et antigénicité du VIH, des Virus des Hépatites et Emergents [MAVIVHe]
Montes, Brigitte [Auteur]
Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] [CHRU Montpellier]
Bouiller, Kevin [Auteur]
Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon [CHRU Besançon]
Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) [LCE]
Lescure, François-Xavier [Auteur]
Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat]
Timsit, Jean-François [Auteur]
Service d'anesthésie - réanimation chirurgicale [CHU Bichat]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Faure, Emmanuel [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Poissy, Julien [Auteur]
Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 [UGSF]
Chidiac, Christian [Auteur]
Raffi, François [Auteur]
Centre d’Investigation Clinique de Nantes [CIC Nantes]
Kimmoun, Antoine [Auteur]
Service de Réanimation Médicale [CHRU Nancy]
French-Clinical Research Infrastructure Network - F-CRIN [Paris] [Cardiovascular & Renal Clinical Trialists - CRCT ]
Cardiovascular and Renal Clinical Trialists [Vandoeuvre-les-Nancy] [INI-CRCT]
Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique [DCAC]
Etienne, Manuel [Auteur]
Richard, Jean-Christophe [Auteur]
Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis [MYRIAD]
Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé [CREATIS]
Tattevin, Pierre [Auteur]
ARN régulateurs bactériens et médecine [BRM]
Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou]
Garot, Denis [Auteur]
Le Moing, Vincent [Auteur]
Département Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Montpellier]
Bachelet, Delphine [Auteur]
Tardivon, Coralie [Auteur]
Duval, Xavier [Auteur]
Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique [CIC 1425]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Yazdanpanah, Yazdan [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Mentré, France [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Laouénan, Cédric [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Visseaux, Benoit [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]
Guedj, Jérémie [Auteur]
Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution [IAME (UMR_S_1137 / U1137)]

Titre de la revue :

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Pagination :

e2017962118

Éditeur :

National Academy of Sciences

Date de publication :

2021-02-03

ISSN :

0027-8424

Mot(s)-clé(s) en anglais :

SARS-CoV-2
mortality
viral dynamics

Discipline(s) HAL :

Sciences du Vivant [q-bio]/Médecine humaine et pathologie
Sciences du Vivant [q-bio]/Microbiologie et Parasitologie

Résumé en anglais : [en]

The characterization of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viral kinetics in hospitalized patients and its association with mortality is unknown. We analyzed death and nasopharyngeal viral kinetics ...
Lire la suite >The characterization of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viral kinetics in hospitalized patients and its association with mortality is unknown. We analyzed death and nasopharyngeal viral kinetics in 655 hospitalized patients from the prospective French COVID cohort. The model predicted a median peak viral load that coincided with symptom onset. Patients with age ≥65 y had a smaller loss rate of infected cells, leading to a delayed median time to viral clearance occurring 16 d after symptom onset as compared to 13 d in younger patients ( P < 10 −4 ). In multivariate analysis, the risk factors associated with mortality were age ≥65 y, male gender, and presence of chronic pulmonary disease (hazard ratio [HR] > 2.0). Using a joint model, viral dynamics after hospital admission was an independent predictor of mortality (HR = 1.31, P < 10 −3 ). Finally, we used our model to simulate the effects of effective pharmacological interventions on time to viral clearance and mortality. A treatment able to reduce viral production by 90% upon hospital admission would shorten the time to viral clearance by 2.0 and 2.9 d in patients of age <65 y and ≥65 y, respectively. Assuming that the association between viral dynamics and mortality would remain similar to that observed in our population, this could translate into a reduction of mortality from 19 to 14% in patients of age ≥65 y with risk factors. Our results show that viral dynamics is associated with mortality in hospitalized patients. Strategies aiming to reduce viral load could have an effect on mortality rate in this population.Lire moins >

Langue :

Anglais

Comité de lecture :

Oui

Audience :

Internationale

Vulgarisation :

Non

Projet ANR :

Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales

Collections :

• Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL) - U1019 - UMR 9017

Source :

Harvested from HAL