A survey of mapping algorithms in the long-reads era

Sahlin, Kristoffer; Baudeau, Thomas; Cazaux, Bastien; Marchet, Camille

Type de document :

Compte-rendu et recension critique d'ouvrage

DOI :

10.1186/s13059-023-02972-3

Titre :

A survey of mapping algorithms in the long-reads era

Auteur(s) :

Sahlin, Kristoffer [Auteur]
Science for Life Laboratory [Solna]
Baudeau, Thomas [Auteur]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Université de Lille
Cazaux, Bastien [Auteur]

Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
École polytechnique universitaire de Lille [Polytech Lille]
Marchet, Camille [Auteur]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Institut des sciences informatiques et de leurs interactions - CNRS Sciences informatiques [INS2I-CNRS]

Titre de la revue :

Genome Biology

Pagination :

133

Éditeur :

BioMed Central

Date de publication :

2023-12

ISSN :

1465-6906

Mot(s)-clé(s) en anglais :

Alignment
Sequence mapping
DNA

Discipline(s) HAL :

Informatique [cs]/Bio-informatique [q-bio.QM]

Résumé en anglais : [en]

It has been over a decade since the first publication of a method dedicated entirely to mapping long-reads. The distinctive characteristics of long reads resulted in methods moving from the seed-and-extend framework used ...
Lire la suite >It has been over a decade since the first publication of a method dedicated entirely to mapping long-reads. The distinctive characteristics of long reads resulted in methods moving from the seed-and-extend framework used for short reads to a seed-and-chain framework due to the seed abundance in each read. The main novelties are based on alternative seed constructs or chaining formulations. Dozens of tools now exist, whose heuristics have evolved considerably. We provide an overview of the methods used in long-read mappers. Since they are driven by implementation-specific parameters, we develop an original visualization tool to understand the parameter settings ( http://bcazaux.polytech-lille.net/Minimap2/ ).Lire moins >

Langue :

Anglais

Vulgarisation :

Non

Projet ANR :

Modélisation Structurale d'ARN Intégrant des Données de Séquençage

Collections :