Title :

Deep learning-based phenotyping reclassifies combined hepatocellular-cholangiocarcinoma

Author(s) :

Calderaro, Julien [Auteur]
IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil] [U955 Inserm - UPEC]
Département de pathologie [Mondor]
Institut Mondor de Recherche Biomédicale [IMRB]
Ghaffari Laleh, Narmin [Auteur]
Universitätsklinikum RWTH Aachen - University Hospital Aachen [Aachen, Germany] [UKA]
Else Kroener Fresenius Center for Digital Health = Else Kröner Fresenius Zentrum für Digitale Gesundheit [EKFZ for Digital Health]
Zeng, Qinghe [Auteur]
Laboratoire d'Informatique Paris Descartes [LIPADE (URP_2517)]
Centre d'Histologie, d'Imagerie et de Cytométrie [CHIC]
Maille, Pascale [Auteur]
IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil] [U955 Inserm - UPEC]
Département de pathologie [Mondor]
Institut Mondor de Recherche Biomédicale [IMRB]
Favre, Loetitia [Auteur]
IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil] [U955 Inserm - UPEC]
Département de pathologie [Mondor]
Institut Mondor de Recherche Biomédicale [IMRB]
Pujals, Anaïs [Auteur]
IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil] [U955 Inserm - UPEC]
Département de pathologie [Mondor]
Institut Mondor de Recherche Biomédicale [IMRB]
Klein, Christophe [Auteur]
Centre de Recherche des Cordeliers [CRC (UMR_S_1138 / U1138)]
Centre d'Histologie, d'Imagerie et de Cytométrie [CHIC]
Bazille, Céline [Auteur]
Département de Pathologie [CHU Caen]
Heij, Lara [Auteur]
Universitätsklinikum RWTH Aachen - University Hospital Aachen [Aachen, Germany] [UKA]
Uguen, Arnaud [Auteur]
Lymphocytes B, Autoimmunité et Immunothérapies [LBAI]
CHRU Brest, Pôle de Biologie Pathologie [CHU - BREST - Biologie pathologie]
Luedde, Tom [Auteur]
Di Tommaso, Luca [Auteur]
Beaufrère, Aurélie [Auteur]
Centre de recherche sur l'Inflammation [CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)]
Service d'Anatomo-Pathologie
Chatain, Augustin [Auteur]
IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil] [U955 Inserm - UPEC]
Gastineau, Delphine [Auteur]
IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil] [U955 Inserm - UPEC]
Nguyen, Cong Trung [Auteur]
Hanoï Medical University
Nguyen-Canh, Hiep [Auteur]
School of Medicine [Kanazawa Medical University]
Thi, Khuyen Nguyen [Auteur]
Gnemmi, Viviane [Auteur]
Institut de Pathologie [CHU Lille]
Hétérogénéité, Plasticité et Résistance aux Thérapies des Cancers = Cancer Heterogeneity, Plasticity and Resistance to Therapies - UMR 9020 - U 1277 [CANTHER]
Graham, Rondell [Auteur]
Charlotte, Frédéric [Auteur]
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
Wendum, Dominique [Auteur]
CHU Saint-Antoine [AP-HP]
Vij, Mukul [Auteur]
Dr. Rela Institute & Medical Centre [Chennai]
Allende, Daniela [Auteur]
Gastrointestinal, Hepatic & Pancreatobiliary Pathology [Cleveland Clinic]
Aucejo, Federico [Auteur]
Digestive Disease & Surgery Institute [Cleveland Clinic]
Diaz, Alba [Auteur]
Barcelona Clínic Liver Cancer [BCLC]
Rivière, Benjamin [Auteur]
Hôpital Gui de Chauliac [CHU Montpellier]
Herrero, Astrid [Auteur]
Hôpital Gui de Chauliac [CHU Montpellier]
Evert, Katja [Auteur]
Institut für Pathologie [Regensburg]
Calvisi, Diego Francesco [Auteur]
Institut für Pathologie [Regensburg]
Augustin, Jérémy [Auteur]
IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil] [U955 Inserm - UPEC]
Département de pathologie [Mondor]
Institut Mondor de Recherche Biomédicale [IMRB]
Leow, Wei Qiang [Auteur]
Leung, Howard Ho Wai [Auteur]
The Chinese University of Hong Kong [Hong Kong] [CUHK]
Boleslawski, Emmanuel [Auteur]
Hôpital Claude Huriez [Lille]
Rela, Mohamed [Auteur]
Dr. Rela Institute & Medical Centre [Chennai]
François, Arnaud [Auteur]
Département de Pathologie [CHU Rouen]
Cha, Anthony Wing-Hung [Auteur]
The Chinese University of Hong Kong [Hong Kong] [CUHK]
Forner, Alejandro [Auteur]
Barcelona Clínic Liver Cancer [BCLC]
Reig, Maria [Auteur]
Barcelona Clínic Liver Cancer [BCLC]
Allaire, Manon [Auteur]
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
Scatton, Olivier [Auteur]
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
Chatelain, Denis [Auteur]
CHirurgie, IMagerie et REgénération tissulaire de l’extrémité céphalique - Caractérisation morphologique et fonctionnelle - UR UPJV 7516 [CHIMERE]
Anatomie et Cytologie Pathologiques [CHU Amiens]
Boulagnon-Rombi, Camille [Auteur]
Sturm, Nathalie [Auteur]
Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525 [TIMC ]
Menahem, Benjamin [Auteur]
Service de Chirurgie Viscérale et Digestive [CHU Caen]
Frouin, Eric [Auteur]
Laboratoire Inflammation, Tissus épithéliaux et Cytokines [LITEC [Poitiers]]
Frouin, Éric [Auteur]
Service d'Anatomie et de Cytologie Pathologiques [Poitiers]
Laboratoire Inflammation, Tissus épithéliaux et Cytokines [LITEC [Poitiers]]
Tougeron, David [Auteur]
Service d'Hépato-Gastro-Enterologie et Nutrition [CHU Caen]
Tournigand, Christophe [Auteur]
Service d'Oncologie médicale [CHU Henri Mondor]
Kempf, Emmanuelle [Auteur]
Service d'Oncologie médicale [CHU Henri Mondor]
Kim, Haeryoung [Auteur]
Department of Pathology [Seoul National University Hospital]
Ningarhari, Massih [Auteur]
Michalak-Provost, Sophie [Auteur]
Gopal, Purva [Auteur]
Department of Pathology [Dallas]
Brustia, Raffaele [Auteur]
Simplification des soins chez les patients complexes - UR UPJV 7518 [SSPC]
Service de chirurgie digestive
Vibert, Eric [Auteur]
Centre hépato-biliaire [CHB]
Schulze, Kornelius [Auteur]
Rüther, Darius [Auteur]
Weidemann, Sören [Auteur]
Universitaetsklinikum Hamburg-Eppendorf = University Medical Center Hamburg-Eppendorf [Hamburg] [UKE]
Rhaiem, Rami [Auteur]
Hôpital universitaire Robert Debré [Reims] [CHU Reims]
Pawlotsky, Jean-Michel [Auteur]
Centre hépato-biliaire [CHB]
IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil] [U955 Inserm - UPEC]
Institut Mondor de Recherche Biomédicale [IMRB]
Zhang, Xuchen [Auteur]
Department of Pathology [Yale]
Luciani, Alain [Auteur]
Service d'imagerie médicale
Mulé, Sébastien [Auteur]
Service d'imagerie médicale
Laurent, Alexis [Auteur]
Service de chirurgie digestive
Amaddeo, Giuliana [Auteur]
Service d'hépato-gastro-entérologie [APHP Henri Mondor]
Regnault, Hélène [Auteur]
Service d'hépato-gastro-entérologie [APHP Henri Mondor]
de Martin, Eleonora [Auteur]
Centre Hépato-Biliaire [Hôpital Paul Brousse] [CHB]
Sempoux, Christine [Auteur]
Navale, Pooja [Auteur]
Westerhoff, Maria [Auteur]
Lo, Regina Cheuk-Lam [Auteur]
State Key Laboratory of Liver Research [The University of Hong Kong]
Department of pathology [HKU]
Bednarsch, Jan [Auteur]
Universitätsklinikum RWTH Aachen - University Hospital Aachen [Aachen, Germany] [UKA]
Gouw, Annette [Auteur]
Guettier, Catherine [Auteur]
Service d'anatomie pathologique
Universitätsklinikum RWTH Aachen - University Hospital Aachen [Aachen, Germany] [UKA]
Lequoy, Marie [Auteur]
CHU Saint-Antoine [AP-HP]
Harada, Kenichi [Auteur]
School of Medicine [Kanazawa Medical University]
Sripongpun, Pimsiri [Auteur]
Department of Internal Medicine [Songkhla]
Wetwittayaklang, Poowadon [Auteur]
Loménie, Nicolas [Auteur]
Laboratoire d'Informatique Paris Descartes [LIPADE (URP_2517)]
Tantipisit, Jarukit [Auteur]
Kaewdech, Apichat [Auteur]
Department of Internal Medicine [Songkhla]
Shen, Jeanne [Auteur]
Department of Pathology [Stanford]
Stanford Center for Artificial Intelligence in Medicine and Imaging [Stanford AIMI Center]
Paradis, Valérie [Auteur]
Else Kroener Fresenius Center for Digital Health = Else Kröner Fresenius Zentrum für Digitale Gesundheit [EKFZ for Digital Health]
Caruso, Stefano [Auteur]
IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil] [U955 Inserm - UPEC]
Département de pathologie [Mondor]
Institut Mondor de Recherche Biomédicale [IMRB]
Kather, Jakob Nikolas [Auteur]

Journal title :

Nature Communications

Pages :

8290

Publisher :

Nature Publishing Group

Publication date :

2023

ISSN :

2041-1723

English keyword(s) :

Artificial intelligence
Immune

HAL domain(s) :

Sciences du Vivant [q-bio]/Cancer
Informatique [cs]/Apprentissage [cs.LG]
Sciences du Vivant [q-bio]/Biochimie, Biologie Moléculaire/Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]
Sciences du Vivant [q-bio]/Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]
Sciences du Vivant [q-bio]/Médecine humaine et pathologie/Hépatologie et Gastroentérologie

English abstract : [en]

Primary liver cancer arises either from hepatocytic or biliary lineage cells, giving rise to hepatocellular carcinoma (HCC) or intrahepatic cholangiocarcinoma (ICCA). Combined hepatocellular- cholangiocarcinomas (cHCC-CCA) ...
Show more >Primary liver cancer arises either from hepatocytic or biliary lineage cells, giving rise to hepatocellular carcinoma (HCC) or intrahepatic cholangiocarcinoma (ICCA). Combined hepatocellular- cholangiocarcinomas (cHCC-CCA) exhibit equivocal or mixed features of both, causing diagnostic uncertainty and difficulty in determining proper management. Here, we perform a comprehensive deep learning-based phenotyping of multiple cohorts of patients. We show that deep learning can reproduce the diagnosis of HCC vs. CCA with a high performance. We analyze a series of 405 cHCC-CCA patients and demonstrate that the model can reclassify the tumors as HCC or ICCA, and that the predictions are consistent with clinical outcomes, genetic alterations and in situ spatial gene expression profiling. This type of approach could improve treatment decisions and ultimately clinical outcome for patients with rare and biphenotypic cancers such as cHCC-CCA.Show less >

Language :

Anglais

Popular science :

Non

Collections :

• Cancer Heterogeneity, Plasticity and Resistance to Therapies (CANTHER) - UMR 9020 - UMR 1277

Source :

Harvested from HAL