Étude de l'hétérogénéité des clones mutés FLT3 dans la leucémie aiguë myéloïde et implication dans la réponse au traitement

Abstract

Les mutations de NPM1 et les mutations FLT3-ITD sont les plus fréquemment mises en évidence au diagnostic de leucémie aiguë myéloïde (LAM). Les LAM mutées NPM1 ont un pronostic globalement favorable. Toutefois, elles présentent des co-mutations et des phénotypes très hétérogènes, susceptibles d’influencer le pronostic ainsi que la réponse au traitement. Afin d’explorer le lien entre les mutations somatiques et la différenciation phénotypique, nous avons utilisé une plateforme de séquençage unicellulaire multi-omique chez 11 échantillons diagnostiques de LAM mutées NPM1. Notre analyse a mis en évidence des associations spécifiques entre les co-mutations et l’expression de protéines de surface. Même si ces associations étaient propres à chaque patient, elles ont permis l'enrichissement en sous-clones génétiques spécifiques par tri cellulaire et ouvrent ainsi la voie à la caractérisation fonctionnelle des clones génétiques minoritaires.Depuis 2017, les patients mutés FLT3 sont traités en première ligne par une association de chimiothérapie intensive (CTI) et de midostaurine (MIDO), un inhibiteur de FLT3. Bien que l’ajout de la MIDO ait permis d’améliorer la survie des patients, lestaux de rémission complète obtenus demeurent proches de 60-70% et les rechutes surviennent encore dans plus de 40% des cas. Afin d’identifier les mécanismes de résistance à l’oeuvre, nous avons réalisé une étude rétrospective et multicentrique incluant 150 patients en rechute ou réfractaires (R/R) présentant une mutation FLT3-ITD (n = 130) et/ou FLT3-TKD (n = 26) au diagnostic en analyse de fragments. Les patients ont été traités en première ligne soit par l’association CTI et MIDO (n = 54)soit uniquement par CTI (n = 96). Pour la première fois, nous avons étudié l’évolution des clones FLT3-ITD entre le diagnostic et le stade R/R à l’aide d’une approche de séquençage à haut débit permettant d’identifier les microclones FLT3-ITD (ratioallélique < 0,05). Nous avons démontré que l’ajout de MIDO à la CTI diminue le taux de persistance de la mutation FLT3-ITD au stade R/R. Chez les patients traités par CTI et MIDO, la présence de plusieurs clones FLT3-ITD au diagnostic était associée à une probabilité plus importante de conserver un statut FLT3-ITD positif au stade R/R.Au sein des deux groupes de traitement combinés, bien que seulement 24% des microclones FLT3-ITD aient été conservés à la rechute, 43% d’entre eux sont devenus des macroclones. Au total, ces résultats identifient des paramètres influençant l’évolution des clones FLT3-ITD et soulignent l’importance d’utiliser des techniques sensibles pour rechercher les mutations FLT3-ITD en pratique clinique.