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A complete protocol for whole-genome ...
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Document type :
Article dans une revue scientifique
DOI :
10.1016/j.virol.2019.03.006
PMID :
30878524
Title :
A complete protocol for whole-genome sequencing of virus from clinical samples: Application to coronavirus OC43
Author(s) :
Maurier, Florence [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Beury, Delphine [Auteur]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Fléchon, Léa [Auteur]
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Varré, Jean-Stéphane [Auteur] refId
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
Touzet, Helene [Auteur] refId
Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 [CRIStAL]
GOFFARD, Anne [Auteur] refId
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Hot, David [Auteur] refId
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Caboche, Ségolène [Auteur correspondant]
Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL]
Journal title :
Virology
Pages :
141-148
Publisher :
Elsevier
Publication date :
2019-05
ISSN :
0042-6822
English keyword(s) :
Bioinformatics
Complete genome
Coronavirus
High-throughput sequencing
HAL domain(s) :
Informatique [cs]/Bio-informatique [q-bio.QM]
Sciences du Vivant [q-bio]/Microbiologie et Parasitologie/Virologie
Sciences du Vivant [q-bio]/Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]
English abstract : [en]
Genome sequencing of virus has become a useful tool for better understanding of virus pathogenicity and epidemiological surveillance. Obtaining virus genome sequence directly from clinical samples is still a challenging ...
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Genome sequencing of virus has become a useful tool for better understanding of virus pathogenicity and epidemiological surveillance. Obtaining virus genome sequence directly from clinical samples is still a challenging task due to the low load of virus genetic material compared to the host DNA, and to the difficulty to get an accurate genome assembly. Here we introduce a complete sequencing and analyzing protocol called V-ASAP for Virus Amplicon Sequencing Assembly Pipeline. Our protocol is able to generate the viral dominant genome sequence starting from clinical samples. It is based on a multiplex PCR amplicon sequencing coupled with a reference-free analytical pipeline. This protocol was applied to 11 clinical samples infected with coronavirus OC43 (HcoV-OC43), and led to seven complete and two nearly complete genome assemblies. The protocol introduced here is shown to be robust, to produce a reliable sequence, and could be applied to other virus.Show less >
Language :
Anglais
Peer reviewed article :
Oui
Audience :
Internationale
Popular science :
Non
Collections :
  • Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189
Source :
Harvested from HAL
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